มาถึงศัตรูพวกสุดท้ายแล้วกับการกำจัดพวก Brotherhood of Steel หลังจากที่จบเควส End of the Line ในขณะที่เราคุยกับ Father อยู่นั้นเราก็จะได้รับเควสนี้ทันที ในบทสนทนา เราจะปรึกษากันเกี่ยวกับเรื่อง ศัตรูพวกสุดท้ายที่เราจะต้องไปถล่ม แต่ติดปัญหาตรงที่ Brotherhood of Steel เป็นพวกที่ใหญ่มาก มีกองกำลังอยู่ทั่วโลก และมีเทคโนโลยีที่ก้าวล้ำ โดยเฉพาะกองกำลังติดอาวุธ สุดท้าย Father จะให้เราไปคุยกับ Dr. Li เพราะได้เตรียมแผนการเอาไว้แล้ว
เดินลงไปด้านล่างเพื่อไปหา Dr. Li แล้วเค้าจะให้นักวิจัยอีกคนมาอธิบายแผนให้เราฟัง Dr. Orman ก็จะเดินมาหาเรา คุยกันสักพัก เธอจะอธิบายแผนการคือ พวก Brotherhood of Steel ใช้สนามบินเป็นฐาน และมีพลังสนามแม่เหล็กเพื่อป้องกันการ การวาร์ปและการส่ง Synth เข้าไปได้ เลยจะส่งเราไปใกล้ๆ แล้วให้เราไปพังเครื่องกำเนิดสนามแม่เหล็ก แล้ว Institute จะได้ส่งกองกำลัง Synth เข้าไปได้ ต่อจากนั้นเราก็จะส่งไวรัสไปแพร่ใส่หุ่นยนต์ยักษ์ที่ชื่อ Liberty Prime ทำให้หุ่นใช้งานไม่ได้ หลังจากคุยกันเราจะได้เครื่องเรียกกำลังเสริมมาใช้
ให้เราเดินไปที่ Relay (ลิฟต์ที่เราเข้ามาที่ฐานครั้งแรก) เพื่อที่จะส่งตัวไปที่สนามบิน (Boston Airport) เมื่อมาถึงฐานของ Brotherhood of Steel สิ่งแรกที่ต้องระวังคือ กับระเบิดที่วางอยู่เต็มพื้น ซึ่งเราสามารถเก็บได้ โดยเข้าไปกดสำรวจใกล้ๆ หลังจากนั้นพยายามหาทางเข้าไปในห้องด้านใน (ทางซ้ายจากจุดที่เราวาร์ปเข้ามา) ตรงนี้เราไม่จำเป็นต้องสู้ก็ได้ โดยให้เราค่อยๆย่องไปทางด้านซ้าย แล้วเข้าไปในห้องด้านใน จะมีทางขึ้นไปด้านบนอยู่ (สำหรับใครที่อัพสาย stealth มาตอนนี้จะได้เปรียบมาก) ที่ด้านบนนอกจากจะมี ศัตรูที่ใส่ชุด Power Armor แล้ว ยังมีเรือบิน ที่คอยโจมตีเราอยู่ด้วย ต้องระวังเป็นอย่างมาก เมื่อขึ้นมาด้านบน ให้เราจัดการศัตรูให้หมด และทำลายเครื่องที่เป็นตัวสร้างสนามแม่เหล็ก จะมีอยู่ตรงด้านหน้าทางที่เราขึ้นมาด้านบนเลย (ตามรูปด้านบน เครื่องสร้างสนามแม่เหล็ก จะอยู่ด้านหลังศัตรู) หลังจากนั้นให้เราเดินวนกลับมาด้านหลังก็จะเจออีกหนึ่งเครื่อง และอีกเครื่องเราจะต้องขึ้นลิฟต์ที่อยู่ใกล้ๆไปทำลายที่ชั้นบน
หลังจากทำลายเครื่องสร้างสนามแม่เหล็กหมดแล้ว (เวลาเราทำลายเครื่องได้ ก็จะมีกำลังเสริมเราถูกส่งมาในแต่ละครั้ง) ให้เราเดินไปที่หุ่นยนต์ยักษ์ Liberty Prime เพราะจะถึงขั้นตอนที่ Synth ของเราจะไปแพร่ไวรัส เพื่อให้หุ่นระเบิด ช่วงนี้จะยากมาก เพราะเราต้องจัดการพวก Brotherhood of Steel ที่จะบุกเข้ามาเรื่อยๆ และเราจะต้องสู้จนกว่า Synth จะแพร่ไวรัสได้ครบ 100% ** ในตอนนี้แนะนำให้ใช้อุปกรณ์ที่เราเพิ่งได้มาจาก Dr. Orman จะเป็นอุปกรณ์ที่ใช้เรียกกองกำลังเสริม จะช่วยเราได้มาก เพราะพวก Brotherhood of Steel จะบุกมาทุกทิศทุกทาง ไม่เว้นแม้กระทั่งเรือบินที่จะโจมตีเราจากทางอากาศ **
เมื่อเราแพร่ไวรัสจนครบ 100% แล้ว รอสักพัก เราจะถูกวาร์ปออกมาด้านนอก แล้วฐานของพวก Brotherhood of Steel ก็จะระเบิด (ตามรูปด้านบน) ก็จะจบภารกิจนี้
