หลังจากที่เราเก็บ Courser Chip มาได้แล้ว ให้เรากลับไปหา ดร. Amari ที่ Goodneighbor
เข้าไปด้านใน แล้วเราจะเล่าให้ดร.ฟังว่าเราได้ Courser Chip มาแล้ว แต่ดร.ไม่สามารถถอดรหัสหุ่นยนต์ระดับนี้ได้ เลยแนะนำให้ไปหาพวก Railroad
โดยมีเบาะแสเพียงแค่ ให้เราหา the Freedom Trail
ขั้นแรกให้เราเดินทางมาที่ Boston Commons (จะเป็นพื้นที่ๆอยู่ใกล้ๆ ไม่ไกลมาก)
เมื่อเข้ามาแล้วให้เราหาหุ่นยนต์ที่อยู่ในรูปด้านบน เมื่อคุยกับหุ่นยนต์เสร็จ เราจะรู้ว่า แท้จริงแล้ว the Freedom Trail นั้น คือสัญลักษณ์เส้นสีแดง ที่อยู่บนพื้น
สังเกตพื้นที่อยู่ด้านนอก ข้างๆที่หุ่นยืนอยู่ จะมีกระเบื้องปูเป็นเส้นสีแดงอยู่ ให้เราเดินตามเส้นสีแดง ไปเรื่อยๆ
จนเข้า พื้นที่ Old Granary Buying Ground เส้นอาจจะหายากหน่อย ให้เราเดินตรงไปตามทางได้เลย แล้วจะเจอเส้นสีแดงที่พื้นอีกครั้ง
**ตรงนี้ถ้าใครรับเควส Road to Freedom จะสามารถผ่านเควสไปด้วยเลย**
**หรือเราสามารถไปที่จุดหมายได้เลย เพราะฐานของพวก Railroad จะอยู่ที่ Old North Church (สามารถวาร์ปไปได้เลย)**
สังเกตพื้นที่หน้าโบสถ์ จะมีสัญลักษณ์วงกลมอยู่ ให้เราเปิดประตูเข้าไปด้านในได้เลย
ด้านในให้เราระวังพวกซอมบี้ (Feral Ghoul Roamer) เดินลงไปด้านล่าง จนเจอสัญลักษณ์วงกลมที่ผนัง (ตามรูปด้านล่าง)
ให้เราใส่รหัส “RAILROAD” วิธีการใส่ คือ ให้หมุนตัวที่เราต้องการไปที่ลูกศรสีแดงชี้อยู่ แล้วกดตรงกลางจะเป็นการยืนยันการใส่ตัวอักษร ทำอย่างนี้ทีละตัวจนครบคำว่า Railroad (ถ้าใส่ผิด เราต้องทำใหม่ตั้งแต่อักษรตัวแรกเลย)
เมื่อใส่ครบแล้ว รอสักพักประตูจะเปิดออก ให้เราเข้าไปด้านใน เราจะเจอพวก Railroad รออยู่ ให้เราคุยกับ Desdemona เธอจะเป็นหัวหน้าของที่นี่
จะถามว่าเราเป็นใคร แล้วมาที่นี่ทำไม เมื่อคุยจบพวก Railroad จะช่วยพวกเรา โดยให้เราเดินตาม Dez เข้าไปด้านใน เราจะเจอกับ Tinker Tom ซึ่งเป็นคนถอดรหัสชิพให้
ให้เราส่งชิพให้ แล้วรอสักพัก จนกว่า Tom จะถอดรหัสเสร็จ เราก็จะได้ ข้อมูลของชิพมา จากนั้นให้เราเดินออกมานอกโบสถ์เลย
กลับไปหา Virgil ที่หุบเขาแห่งพื้นที่กัมมันตรังสี (อย่าลืมใส่ชุด Power Armor ไปด้วยล่ะ) แล้วเค้าจะบอกว่า ให้เราไปหาวิธีสร้างเครื่องย้ายมวลสารเอง โดยอาจจะขอความช่วยเหลือจากกลุ่มต่างๆที่เรารู้จัก (ตรงนี้เราสามารถจะเลือกกลุ่มไหนมาช่วยสร้างเครื่องก็ได้)
เมื่อมาถึงจุดนี้ ให้เราเลือกกลุ่มสักกลุ่มที่จะมาช่วยเราสร้างเครื่อง โดยเราจะต้องหาอุปกรณ์ต่างๆ เพื่อมาคราฟส่วนต่างๆของเครื่อง (แต่ละส่วนจะบอกรายละเอียดว่าต้องใช้อะไรบ้าง) และที่สำคัญอีกอย่างคือ เราต้องใช้พื้นที่สำหรับวางเครื่องส่งมวลสารกว้างมาก โดยเมื่อเราสร้างได้แล้ว เราก็จะต้องไปยืนอยู่ในเครื่อง (ตามรูปด้านบน) แล้วเราจะถูกส่งตัวเข้าไปในฐานของ Institute เลยก็จะจบภารกิจทันที
เมื่อเราเข้าไปด้านในของฐานแล้ว เนื้อเรื่องหลังจากนี้จะเป็นเนื้อเรื่องที่จะให้เราเลือกว่าเราจะเข้าร่วมกับกลุ่ม Institute หรือไม่ ถ้าเราเลือกที่จะเข้ากับกลุ่ม Institute เราก็จะได้รับภารกิจต่อไปเลยคือ Institutionalized แต่ถ้าเราเลือกที่จะไม่เข้าร่วมกลุ่มนี้ เราสามารถเข้าร่วมกับกลุ่มอื่นๆได้อื่น ซึ่งจะมีผลทำให้ฉากจบไม่เหมือนกันในแต่ละกลุ่ม
