หลังจากที่เราและผู้รอดชีวิตคนอื่นๆได้ขึ้นรถบัสหลบหนีซอมบี้ ในท้าย Chapter1 รถบัสจะขับมาตามทางเรื่อยๆ จนมาเกิดอุบัติเหตุทำให้รถเสียหลัก ฝูงซอมบี้จะเข้าโจมตีรถบัสที่เรานั่งมาทันที เราจะฟื้นขึ้นมาเห็นซอมบี้ได้ฆ่าผู้รอดชีวิตคนอื่นๆ เรียบร้อยแล้ว และกำลังจะเข้ามาจู่โจมเรา ให้เรารีบควักปืนออกมายิงซอมบี้ให้หมด สักพักจะมีรถบรรทุกอีกคันเสียหลัก พุ่งเข้าชนรถของเราจนตกลงมาด้านล่าง จนทำให้รถระเบิด แต่ลีออนและเฮเลน่า จะรอดชีวิตมาได้ (เทพมาก)
ให้เราเดินต่อไปตามทาง ผ่านสุสานเข้าไปด้านใน จนถึงประตูรั้วของโบสถ์ เมื่อเข้าไปสำรวจเราจะพบว่าประตูล็อคอยู่ ให้เราเดินไปที่กระท่อมข้างๆ เข้าไปด้านในเราจะเจอหมากระโดดออกมา แล้วฉากจะตัดให้เห็นว่า หมาตัวนั้นได้คาบกุญแจไป ให้เรารีบวิ่งตามหมา และกำจัดมันให้ได้ เมื่อเราได้กุญแจแล้ว ให้กลับมาเปิดประตู จากนั้นลีออนจะถูกซอมบี้กระโดดเข้าจู่โจมจนทำให้ตกลงไปด้านล่าง ให้เรารีบหาทางขึ้นมาให้ได้ เพราะระหว่างนี้เฮเลน่าจะถูกซอมบี้เข้ามาโจมตีเรื่อยๆ
เมื่อเราสามารถเปิดประตูเข้าไปด้านในได้แล้ว เราจะเข้าไปเคาะประตูโบสถ์ แต่คนที่อยู่ด้านในจะไม่ยอมเปิดประตูให้เราเข้าไป แล้วฝูงซอมบี้จะแห่กันเข้ามาโจมตีเรา เนื่องจากเสียงระฆังที่ดังขึ้นมาพอดี ให้เราพยายามเอาชีวิตรอดให้ได้ โดยการฆ่าซอมบี้ไปสักพัก คนด้านในก็จะเปิดประตูให้เราเข้าไป (สังเกตจาก ก่อนที่เค้าจะเปิดประตูให้เรา จะมีคนทุบกระจกด้านบน แล้วยิงซอมบี้ช่วยเรา) เมื่อเราเข้าไปด้านในได้แล้ว เราจะเจอผู้รอดชีวิตอยู่กลุ่มหนึ่ง แต่เมื่อเราบอกว่า เราไม่ใช่หน่วยที่จะมาช่วยชีวิต ทำให้สีหน้าของคนในนั้นผิดหวังมาก
เฮเลน่าจะบอกกับลีออนว่า มีทางลับให้ลงไปชั้นใต้ดิน ซึ่งประตุจะอยู่ใต้รูปปั้นด้านใน เมื่อเราเดินไปสำรวจ เราจะไม่สามารถเปิดมันได้ จากนั้นให้เราเก็บรูปปั้นสีแดง ที่อยู่ใกล้ๆกับรูปปั้นใหญ่ จากนั้นเดินไปสำรวจตรงบันไดลีออนจะเป็นฐานให้เฮเลน่ากระโดดขึ้นไปด้านบน แล้วให้เฮเล่นาเตะบันไดอีกฝั่งลงมาด้านล่าง
การที่เราจะเปิดประตูลับได้เราจำเป็นที่จะต้องใช้รูปปั้นสีแดง 2 ตัว ในการเปิด ซึ่งอีกตัวจะอยู่ในห้องด้านบน เมื่อเราได้มาครบทั้ง 2 ตัวแล้ว ให้นำไปวางบนฐานสีแดง โดยเราจะต้องวางรูปปั้นทั้งสองพร้อมกัน แล้วประตูลับก็จะเปิดออก เดินเข้าประตูลับไปด้านใน ลีออนและเฮเลน่าจะต้องแยกไปสับสวิตช์ทั้งสองพร้อมกัน แล้วรั้วกั้นจะตกลงมา ทำให้ทั้งสองต้องแยกจากกัน โดยเราจะต้องผ่านกับดักที่อยู่ในห้องนี้ไปให้ได้ โดยจะแบ่งเป็น 3 ด่าน ดังนี้
ด่านแรก : จะมีรูปปั้นคอยยิงเรา ให้เรารีบวิ่งไปกดสวิตช์ที่รูปปั้น แล้วรูปปั้นก็จะกลับเข้าไปที่เดิม
ด่านสอง : เราจะผ่านเข้ามาในห้องที่ใหญ่กว่าเดิม ด่านนี้จะมีรูปปั้นออกมายิงเรา ให้เรารีบวิ่งไปกดสวิตช์ที่รูปปั้นเหมือนด่านแรก แต่จะมีรูปปั้นออกมาเยอะกว่ามาก
ด่านสาม : ให้เราเอาปืนเลเซอร์เล็งไปที่วงกลมที่รูปปั้นกำลังแบกอยู่ จะทำให้ประตูเปิดออก
จากนั้นวิ่งขึ้นมาด้านบนสุด แล้วมองลงไปด้านล่าง ผ่านหน้าต่างลูกกรง เราจะเจอรูปปั้นที่เราจะต้องเอาปืนเล็งไปที่วงกลมเหมือนเดิม แล้วประตูก็จะเปิดออก เดินเข้ามาด้านใน ให้เรามองด้านบนไว้ เราก็จะเจอจุดที่เราจะต้องเอาปืนเล็งอีก เข้ามาในห้องสุดท้าย มองบนเพดาน เราจะเจอกระจกบานยักษ์ ให้เราส่องดีๆ จะมีเงาสะท้อนของจุดที่เราจะต้องใช้เลเซอร์เล็ง เมื่อทำสำเร็จ เราจะเจอรูปปั้นสีฟ้าที่ห้องด้านใน เมื่อเก็บมาแล้วประตูต่อไปจะเปิดออก พร้อมกับลีออนและเฮเลน่าจะได้ร่วมเดินทางไปด้วยกันอีกครั้ง
ขึ้นมาด้านบน เราจะเจอรูปปั้นสีฟ้าอีกตัว แต่เรายังเอามาไม่ได้ ให้เราเก็บปืนไรเฟิลจากศพใกล้ๆ แล้วเดินออกไปยิงระฆังและไก่ ให้ครบ 5 จุด (สังเกตจากจุดที่เรายิงแล้วจะมีไฟลุกขึ้นมา) เมื่อทำสำเร็จ ลูกกรงที่กั้นรูปปั้นอยู่จะเปิดออก ให้เราเก็บเก็บรูปปั้นสีฟ้าอีกตัว แล้วประตูด้านล่างก็จะเปิด
เดินกลับลงมาด้านล่าง เข้าประตูที่เพิ่งเปิดออก เราจะโผล่มาที่ห้องโถงใหญ่ ที่เราเข้าโบสถ์มาครั้งแรก แต่เป็นชั้น 3 แล้วเดินอ้อมมาด้านตรงข้ามกับรูปปั้นใหญ่ เราจะเจอแท่นวางรูปปั้นสีฟ้า เมื่อวางแล้วประตูลับก็จะเปิดออก พร้อมกับซอมบี้ แบบพิเศษที่เดินออกมาจากประตู ความสามารถพิเศษของวอมบี้ตัวนี้คือ สามารถปล่อยแก๊สที่โดนแล้วจะกลายเป็นซอมบี้ทันที ให้เราพยายามกำจัดมันให้ได้ เมื่อเราสามารถกำจัดมันได้แล้ว สำรวจที่ศพเราจะได้คีย์การ์ด
จากนั้นเดินลงมาด้านล่าง ใช้คีย์การ์ดเพื่อเปิดประตูลับ เข้ามาด้านใน เราจะเจอห้องทดลอง โดยแต่ละห้องจะมีตัวเลขติดอยู่ ให้เราเดินขึ้นมาบนแท่นควบคุม แล้วใส่รหัส 210 ประตูก็จะเปิดออก โดยถ้าเราใส่รหัสอื่นจะทำให้ประตูห้องซอมบี้ที่ถูกขังอยู่ออกมาด้านนอกได้ เดินไปที่ห้องถัดไป เราจะต้องใส่รหัสอีกครั้ง โดยครั้งนี้ให้ใส่รหัส 021 เดินเข้ามาที่ห้องด้านใน เราจะเจอห้องที่มีเก้าอี้ตั้งอยู่กลางห้อง แล้วเฮเลน่าจะพูดอะไรบางอย่างออกมา แต่ลีออนจะไม่รู้เรื่อง
เดินมาตามทางจนถึงห้องที่มีซอมบี้อยู่ในหลอดทดลอง เมื่อเข้าไปด้านในจะเป็นมูฟวี่เกี่ยวกับการทดลองไวรัส เมื่อฉากมูฟวี่จบ ให้เราเดินขึ้นไปใส่รหัส 201 แล้วประตูที่อยู่ด้านหลังจะเปิดออก เราจะเข้าไปเจอห้องที่มีหม้อแปลงไฟฟ้าที่ตั้งอยู่ เราจะต้องสับสวิตช์เพื่อให้มีทางเดินต่อไปได้ โดยเราจะต้องทำตามขั้นตอนดังนี้
สับสวิตช์อันแรก ที่อยู่ใกล้ๆหม้อแปลง
เดินกลับมาทางเดิม เพื่อสับสวิตช์อันที่สอง
เดินผ่านสวิตช์อันแรก เพื่อไปสับสวิตช์อันที่สาม
จากนั้นให้ลีออนไปนั่งเป็นฐานเพื่อให้เฮเลน่ากระโดดขึ้นไปด้านบน
เฮเลน่าขึ้นไปด้านบนแล้ว เดินไปสับสวิตช์อันที่สี่
จากนั้นให้ลีออนและเฮเลน่าไปสับสวิตช์อันสุดท้ายพร้อมกัน แล้วประตูก็จะเปิดออก
เมื่อเราเดินเข้ามาด้านในแล้ว ให้เรารีบวิ่งไปจนสุดทาง เราจะเจอท่อทิ้งขยะ ที่จะสามารถกระโดดลงไปด้านล่างได้ (ถ้าเราอยู่สู้กับซอมบี้ มันจะออกมาเรื่อยๆ) เมื่อเราลงมาด้านล่างแล้ว ให้เราเดินไปตามทาง จนเราเจอ เดโบร่า (น้องสาวของเฮเลน่า) แล้วเฮเลน่าจะแบกเดโบร่าไปด้วย (ระหว่างนี้เฮเลน่าจะไม่สามารถใช้ปืนได้) ให้เราเดินไปตามทาง จนไปถึงด้านล่าง แล้วเดโบร่าจะกลายร่างเป็นมนุษย์ทดลอง ระหว่างนั้น เอด้า จะใช้หน้าไม้ยิงเดโบร่าเพื่อหยุดยั้งการกลายร่าง แต่ไม่เป็นผล เมื่อเดโบร่ากลายร่างแล้วให้เราพยายามจัดการให้ได้ แล้วพวกเราจะตกลงไปด้านล่าง โดยลีออนจะตกลงไปอยู่กับเอด้า และเฮเลน่าจะตกไปอีกฝั่งหนึ่ง ให้เราหาทางลงไปจนชั้นล่างสุด เราจะเจอบอสเดโบร่าอีกครั้ง ให้เราพยายามยิงไปที่แสงสีส้ม แล้วเดโบร่าจะลงมาดิ้นอยู่กับพื้น จากนั้นให้เราเข้าไปเตะใกล้ๆ จะเป็นการใช้คอมโบ จะทำให้กำจัดง่ายมาก
เมื่อเราจัดการเดโบร่าไปได้สักพัก เราก็จะตกลงไปด้านล่างอีกโดยคราวนี้เฮเลน่าและเอด้าได้ตกลงไปบนรถราง ส่วนลีออนต้องหาทางลงมาด้านล่าง เพื่อมาขึ้นรถรางให้ได้ เมื่อทั้งหมดขึ้นรถรางได้เรียบร้อยแล้ว รถรางจะออกตัวและวิ่งไปตามราง โดยจะมีบอสเดโบร่าเข้ามาโจมตีเป็นระยะ (ให้เรานอนบนรถรางแล้วยิงไปที่แสงสีส้ม) เมื่อจบการโจมตีครั้งสุดท้ายของเดโบร่า รถรางจะตกรางพอดี เฮเลน่าจะตกลงไปด้านล่างพร้อมกับเดโบร่า ส่วนลีออนจะต้องเดินไปช่วยเอด้าที่กำลังจะตกลงไปด้านล่าง แล้วค่อยกลับมาช่วยเฮเลน่าจัดการกับเดโบร่าต่อ เมื่อเรากำจัดเดโบร่าได้สำเร็จ เดโบร่าจะตกลงไปด้านล่าง จากนั้นเฮเลน่าจะเล่าให้ฟังว่า เธอและน้องสาวได้ถูกซิมม่อน (คนที่ใส่แหวนที่นิ้วโป้ง) จับตัวมา เฮเลน่าไม่มีทางเลือก จึงต้องร่วมมือกับซิมม่อน ในการเจาะระบบ และเป็นตัวการทำให้ประธานาธิบดีกลายเป็นซอมบี้ไปด้วย เมื่อลีออนได้ยินดังนั้น จึงติดต่อไปหาฮันนึงแกน เพื่อที่จะบอกเรื่องนี้ แต่สายไปเสียแล้ว เพราะระหว่างที่ลีออนจะเล่าเรื่องนี้ ซิมม่อนได้โผล่เข้ามาในกล้องพอดี…จบ Chapter 2
