หลังจากที่แคลร์ตกลงที่ช่วยตามหาแม่ให้เชอรี่แล้ว (ในตอนี่แล้ว Resident Evil 2 (2nd Run) : Claire – มาตามหาพี่ชายที่ Raccoon City) เชอรี่จะเอาบันไดลงมาให้แคลร์ ปีนขึ้นไปด้านบน เดินกลับไปเก็บของที่ห้องที่มีตู้ล้มก่อน แล้วค่อยเดินตามเชอรี่ไป จนเจอห้องที่เราจะต้องดึงสวิตช์เพื่อเลื่อนสะพาน ให้เราข้ามไปได้ (ระหว่างทางเชอรี่จะบอกว่าพ่อและแม่ทำงานที่อัมเบลล่า แต่พ่อตายแล้ว) เดินผ่านห้องเซพไป ก็จะเจอบันไดปีนขึ้นมาด้านบน จะเป็นลานจอดรถในสถานีตำรวจ
เดินไปสำรวจเครื่องที่อยู่ใกล้ๆกับประตู ภาพจะตัดเป็นคัทซีน โดยแคลร์จะถูกทำร้ายและเชอรี่จะถูกชายอ้วน (ผอ.ไออ้อน) พาตัวออกไป แต่ตอนที่กำลังยื้อแย่งตัวเชอรี่นั้น สร้อยคอของเชอรี่ก็ได้หลุดออกจากคอ เชอรี่จะเก็บสร้อยคอนี้เอาไว้ (สร้อยคอนี้จะมีความสำคัญมาก) เมื่อจบคัทซีน (เราจะหันหน้าเข้าหาประตู) ให้เราเดินไปทางขวามือ จะเจอประตูทางเข้า ที่มีไฟสีเขียวอยู่ด้านบน ด้านในจะมีหนังสือให้เราอ่าน จะบอกเราว่าชายอ้วนเมื่อกี้คือ ผอ.ไออ้อน ที่เคารพรักษาของทุกคน และยังเป็นเจ้าของบ้านเด็กกำพร้าอีกด้วย

เดินมาอีกนิดจะมีแผนที่แปะอยู่ที่กำแพง ให้เราเก็บมาแล้วเดินกลับออกมาที่ลานจอดรถ (ในห้องนี้จะมีลิฟต์ แต่เราต้องหากุญแจข้าวหลามตัดมาเปิดห้องควบคุมลิฟต์ก่อน) แล้วเข้าประตูที่อยู่ใกล้ๆ (ไฟสีเขียวเหมือนกัน) เข้ามาแล้วให้เลี้ยวขวามือ เป้าหมายของเราคือการเดินไปเก็บกุญแจข้าวหลามตัดในห้องเก็บศพ (ที่เดียวกับเนื้อเรื่องลีออน)
เก็บกุญแจแล้วเดินกลับไปที่ห้องซ้อมยิงปืน เราสามารถใช้กุญแจข้าวหลามตัดไขห้องที่อยู่ด้านในได้ และในห้องนี้จะมีกล่องสีเหลือง ที่มีกุญแจรถตำรวจอยู่ กลับออกมาที่ลานจอดรถ เอากุญแจรถตำรวจไปเปิดหลังรถ เราจะได้ปืน JMB Hp3 มาใช้
กลับไปที่ห้องควบคุมลิฟต์ ใช้กุญแจข้าวหลามตัดเปิดเข้าไป ด้านในจะมีที่แต่งปืนอยู่ในล็อกเกอร์ แล้วเดินไปสับสวิตช์ก็จะสามารถใช้ลิฟต์ได้แล้ว ขึ้นมาด้านบนจนมาถึงห้องทำงานของผอ.ไออ้อน เราจะเจอจดหมายวางอยู่บนโต๊ะ เมื่ออ่านแล้วจะทำให้เรารู้ว่า เป็นจดหมายที่มาจากวิลเลี่ยม เบอร์กิ้น (พ่อของเชอรี่) ที่ได้จ่ายส่วยให้กับผอ.ไออ้อน เพื่อให้ช่วยส่งคนมารักษาความปลอดภัย ไม่ให้ใครมายุ่งกับโครงการวิจัยไวรัส แม้กระทั่งพวกของอัมเบลล่า (ที่ตอนหลังวิลเลี่ยมและอัมเบลล่ามีปัญหาขัดแย้งกัน) จนสุดท้ายวิลเลี่ยมจะตำหนิการทำงานของผอ.ไออ้อน ที่ไม่สามารถกันคนของพวกอัมเบลล่าออกไปได้ (เข้าใจว่าอาจจะเป็นพวกหน่วย U.S.S. ที่อัมเบลล่าส่งมา)

เดินออกจากห้องทำงาน โดยออกประตูทางด้านขวามือ เดินไปจนถึงห้องเก็บงานศิลปะ เราจะเจอกับแผงวงจร ที่ด้านในจะมีคีย์การ์ดแขวนอยู่ เราจะต้องหาอุปกรณ์ไฟฟ้า 2 ชิ้นมาใส่ถึงจะสามารถใช้งานได้ เดินต่อเข้ามาจนสุดทาง สำรวจที่กรอปรูปเราก็จะได้กุญแจหัวใจมา
เดินกลับมาที่ห้องทำงาน แล้วใช้กุญแจหัวใจไขออกประตูอีกด้าน ลงบันไดมาด้านล่างก่อน เราจะเจอห้องสอบสวนที่ต้องใช้กุญแจหัวใจไขเข้าไป ด้านในจะมีกล่องใส่ปุ่มกดของห้องเก็บอาวุธวางอยู่ และจะมีลิกเกอร์พังกระจกเข้ามาด้วย

เดินขึ้นมาชั้น 3 (หากของเต็มให้เข้าไปเก็บที่ห้องทำงานของผอ.ไออ้อนก่อน) เข้าไปเก็บเฟืองในห้องเก็บของก่อน แล้วเดินไปเปิดประตูอีกด้านที่ต้องใช้กุญแจหัวใจไขเข้าไป (ประตูอีกด้านที่อยู่ในห้องเก็บของ) ด้านในจะมีอุปกรณ์ไฟฟ้าวางอยู่

ออกจากห้องเก็บของ แล้วเดินออกระเบียงด้านนอก (Balcony) ปีนบันไดลงมาด้านล่าง เราก็จะเจอกับซากเฮลิคอปเตอร์ที่ไฟไหม้อยู่ เดินลงบันไดแล้วสับวาล์วไปทางด้านซ้าย จากนั้นขึ้นมาเปิดน้ำเพื่อดับไฟ

เดินเข้าไปในอาคาร เราก็จะได้เจอกับ Mr.X อีกครั้ง เดินผ่านไปให้ได้ ต่อไปเราจะไปเก็บของที่ห้องเก็บผ้า (Linen Room) โดยเมื่อเราเดินผ่าน Mr.X ไปแล้วให้เดินเข้าห้อง Waiting Room (ดูแผนที่ด้านบนประกอบ) แล้วเดินอ้อมมาอีกฝั่งเพื่อเข้าห้องสมุด ผ่านห้อง Lounge (ห้องที่มีรูปปั้นม้า) ก็จะเจอห้องเก็บผ้า ใช้กุญแจข้าวหลามตัดไขเข้าไป ที่ด้านในจะมีกล่องเก็บปุ่มกด ให้เราปลดล็อกให้ได้ แล้วก็จะได้ปุ่มกดมาใช้

เป้าหมายต่อไปของเราคือการไปเอาอาวุธที่ห้องเก็บอาวุธและคันโยกที่ห้อง Records Room โดยจะอยู่ที่ชั้น 1 ให้เราเดินไปที่ห้องเก็บอาวุธก่อน (อย่าลืมเอาปุ่มกดทั้ง 2 ปุ่มมาด้วย) แล้วเดินเข้าห้องที่เข้าไปเก็บที่จุดระเบิด จะเจอประตูที่ต้องใช้กุญแจหัวใจไขเข้าไป ที่ด้านในเราจะได้คันโยก จากนั้นก็เอาไปใช้ที่ห้องสมุด เพื่อที่เราจะได้สามารถเลื่อนตู้หนังสือให้ทำเป็นทางเดินได้

ออกจากห้องสมุดที่ชั้น 3 (ออกทางที่เราเลื่อนตู้หนังสือมาทำเป็นทางเดิน) แล้วเลี้ยวขวาเพื่อไปยังหอระฆังเพื่อไปเอาอุปกรณ์ไฟฟ้าอีกชิ้น (ตรงนี้จะเหมือนเนื้อเรื่องของลีออนในรอบแรก) แต่ถ้าใครที่ไม่ได้เอาเฟืองมาก็ให้เดินอ้อมไปยัง East Storage Room แล้วเดินลงไปที่ห้องทำงานของผอ.ไออ้อนได้

เมื่อได้อุปกรณ์ไฟฟ้าครบทั้ง 2 อันแล้ว ก็กลับไปตั้งหลักที่ห้องทำงานของผอ.ไออ้อน เอาอุปกรณ์ไฟฟ้าไปใส่ที่แผงวงจร (ในห้องเก็บงานศิลปะ) แก้ปริศนาตามรูปด้านบน เราก็จะสามารถเข้าไปเก็บคีย์การ์ดที่แขวนอยู่ด้านในได้แล้ว