หลังจากเหตุการณ์ไวรัสระบาดที่แรคคูน ซิตี้ จนทำให้ต้องควบคุมเชื้อไวรัส ด้วยวิธีการยิงขีปนาวุธ เพื่อทำลายเหล่าซอมบี้ให้สิ้นซาก และล้างการแพร่ระบาดของเชื้อไวรัส สุดท้าย บริษัทอัมเบลล่า ผู้ที่อยู่เบื้องหลังเรื่องทั้งหมด ก็ถูกปิดฉากลงในที่สุด
6 ปีต่อมา ลีออน ตัวเอกของภาคนี้ ได้รับภารกิจให้ไปตามหาลูกสาวของประธานาธิบดี ที่ได้ถูกลักพาตัวไป ซึ่งฉากจะเริ่มจากตำรวจในพื้นที่ ได้ขับรถพาลีออน เข้าไปส่งในพื้นที่ชนบท เมื่อรถข้ามสะพานมา ลีออนจะลงจากรถ แล้วจะได้รับการติดต่อจากฮันนิงแกน เพื่อเช็คสัญญาณการติดต่อ
ให้เราเดินเข้าไปในบ้าน แล้วเราจะเจอชายที่กำลังเติมฝืนในเตาผิง ลีออนจะหยิบรูปเพื่อสอบถามชายคนดังกล่าว สักพักลีออนจะถูกชายคนนั้นจู่โจม ให้เราจัดการชายคนนั้น แล้วลีออนจะได้ยินเสียงรถด้านนอก เมื่อมองออกไป ก็จะเห็นรถที่รีบออกตัวไปอย่างรวดเร็ว แต่สุดท้ายรถของชาวบ้านก็จะไปชนรถของตำรวจจนตกเหว
ให้เราขึ้นไปชั้น2 จะมีกระสุนให้เก็บ จากนั้นเดินออกมาด้านนอก จัดการชาวบ้านที่เข้ามาทำร้ายเราให้หมด แล้วเดินไปดูที่สะพาน เราจะเห็นรถของชาวบ้านและรถของตำรวจที่มาส่งเรา ตกลงไปด้านล่าง และที่สำคัญสะพานที่เราข้ามมาก็ดันขาดด้วย
เดินกลับมาทางเก่าด้านขวาจะมีกระท่อม ด้านในจะมีของให้เราเก็ย และมีจุดให้เราเซพด้วย จากนั้นเดินต่อไปตามทาง ระหว่างทางเราจะเจอหมาติดกับดัก ให้เราเข้าไปสำรวจ ก็จะเป็นการช่วยหมาให้ออกจากกับดักได้ เดินต่อมาจะเจอป้ายบอกทาง ให้เราเดินไปตามทางที่ป้ายชี้นั่นแหละ และคอยระวังอย่าเดินไปโดนกับดักที่อยู่บนพื้น และกับดักระเบิดที่ติดอยู่ตามต้นไม้ด้วย
เดินไปสักพัก จะมีชายเข้ามาจู่โจมเรา จัดการมันซะ แล้วเดินตามทางต่อ จนเข้ามาจนสุดทาง จะเจอประตู เมื่อเราเดินเข้าประตูมาสักพัก ลีออนจะใช้กล้องส่องทางไกล เพื่อแอบดูคนในหมู่บ้าน (เราจะเจอตำรวจที่มากับเรา ถูกย่างอยู่กลางหมู่บ้านเลย)
จากนั้นให้เราเดินเข้ามาในหมู่บ้านพยายาม เก็บของในหมู่บ้านให้มากที่สุด โดยบ้านด้านซ้าย ประมาณหลังที่ 2 เมื่อเราเข้าไป จะมีคัทซีนให้เราดูเล็กน้อย จากนั้นให้เรารีบดันตู้มาปิดประตู และหน้าต่าง ขึ้นมาด้านบน เราจะเจอปืนลูกซองแขวนอยู่ที่ผนัง ซึ่งเมื่อถึงตอนนี้ชาวบ้านจะแห่กันเข้ามาทำร้ายเรา ให้เราพยายามกำจัดชาวบ้านให้ได้
เมื่อเราสู้กับชาวบ้านไปสักพัก เสียงระฆังจะดังขึ้น แล้วชาวบ้านทั้งหมดจะทิ้งอาวุธ และเดินเข้าไปในบ้านหลังหนึ่ง ซึ่งลีออนจะแปลกใจกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นอย่างมาก เมื่อชาวบ้านไม่อยู่แล้ว ให้เรากลับมาสำรวจหมู่บ้านกันอีกครั้ง พยายามเก็บของให้หมด และในบ้านหลังหนึ่ง เราจะเจอรูปถ่ายของลีออน ซึ่งจะมีคำสั่งให้จัดการกับลีออน และในจดหมายก็จะมีข้อมูลเกี่ยวกับนักโทษ (คาดว่าน่าจะเป็นลูกสาวของประธานาธิบดี) ว่าจะถูกขังอยู่แถวๆฟาร์ม ก่อนจะถูกส่งไปยังหุบเขาต่อไป
เดินสำรวจจนเราเจอประตูหมู่บ้าน ที่อยู่ด้านใน เมื่อผ่านประตูนี้ เราจะเข้ามาในส่วนที่เป็นโรงนา ให้เราสำรวจเพื่อเก็บของให้หมด (มีศัตรูด้วย) จากนั้นเดินเข้าประตู ก็จะเป็นการออกจากหมู่บ้าน เดินลงมาตามทาง สักพัก พวกชาวบ้านจะดันหินก้อนใหญ่ลงมา ให้เรากดวิ่งอย่างรวดเร็ว และสุดท้ายจะเป็นการกดกระโดดหลบ ให้เรากดปุ่มที่ขึ้นมาให้ทัน
เดินลอดอุโมงค์ เมื่ออกมาแล้วเราจะเจอกับพวกชาวบ้านอีกกลุ่ม ระวังระเบิดให้ดี จัดการให้หมด แล้วเดินเข้าไปในบ้านหลังใหญ่ ในนี้จะมีกับดักระเบิดด้วย ระวังให้ดี เข้าไปด้านในจนสุด เราจะเจอตู้ที่มีเสียง เมื่อทำการสำรวจ เราจะเจอคนอยู่ด้านใน สักพัก พวกศัตรูจะเดินเข้ามาพร้อมกับชาวบ้านที่ตัวใหญ่มาก ลีออนจะเข้าไปโจมตี แต่ไม่เป็นผล สุดท้ายจะถูกโยนออกมา และจบ Chapter 1-1 ทันที
