เนื้อเรื่องนี้ จะเป็นเหมือนโหมดพิเศษ จะเป็นเนื้อเรื่องที่ตัวละครหลัก คือ เอด้า ที่ได้รับภารกิจ แล้วเนื้อเรื่องจะดำเนินไปพร้อมกับลีออน ซึ่งในบางครั้งเนื้อเรื่องของทั้ง 2 คน ก็จะทำให้มาเจอกันบ้าง โดยจะมีด่านต่างๆที่น้อยกว่าของลีออน
Chapter 1 : Ring The Church Bell – เริ่มต้นด้วย เอด้าจะถูกส่งเข้ามาในพื้นที่ เพื่อมาหาข้อมูลของเชื้อไวรัส โดยได้รับคำสั่งมาจากเวสเกอร์ เอด้าจะเข้ามาในหมู่บ้าน ที่มีศพของตำรวจที่มาส่งลีออนถูกเผาอยู่กลางหมู่บ้าน ซึ่งขณะที่กำจัดชาวบ้านอยู่ก็จะเป็นเหตุการณ์ที่ลีออนถูกพวกชาวบ้านรุมโจมตีอยู่พอดี เวสเกอร์จะติดต่อกับเอด้าและบอกว่า ที่หมู่บ้านแห่งนี้ได้ถูกควบคุมเรียบร้อยแล้ว ชาวบ้านจะโจมตีบุคคลภายนอกโดยอัตโนมัติ เวสเกอร์จะสั่งให้เอด้าไปสั่นระฆังก็จะทำให้ชาวบ้านสงบลงได้
ให้เรายิงศัตรูและหาเก็บของตามบ้านไปสักพัก แล้วจะมีฉากที่ไก่ขึ้นไปทิ้งกุญแจไว้บนหลังคา ก็ให้เราเดินไปใกล้ๆบ้านหลังนั้น แล้วจะมีคำสั่งให้เอด้ายิงสลิงค์ (Hook Shot) เพื่อโหนตัวขึ้นไป เก็บกุญแจได้แล้ววิ่งไปเปิดประตูที่มีสัญลักษณ์อยู่ที่หน้าประตู ด้านในเราจะเจอพ่อค้า และจุดเซพอยู่ เดินเข้ามาด้านใน แล้วโดดลงไปด้านล่าง เดินมาตามทางแล้วเราจะปีนบันไดขึ้นมาอีกด้าน เดินมาอีกหน่อยก็จะถึงบริเวณโบสถ์ ให้เราวิ่งอ้อมโบสถ์ลงไปทางด้านขวา เราจะเจอศัตรูถือเลื่อยกำจัดให้ได้ แล้วที่พื้น ให้เราเก็บ Green Catseye มา จากนั้นเดินกลับมาที่หลังโบสถ์ จะมีแท่น ที่เราต้องไขปริศนา แล้วเราจะได้กุญแจประตูโบสถ์มา (Round Insignia) สามารถดูวิธีการแก้ปริศนาได้ใน Chapter 1-3: Gone Fishing โดยหลังจากที่ได้กุญแจแล้วเราจะต้องเอา Green Catseye ใส่ลงไปแทน
เดินกลับมาที่ประตูโบสถ์ใช้กุญแจที่เราเพิ่งได้มาเปิดเข้าไปด้านใน จัดการศัตรูให้หมด แล้วปีนขึ้นบันไดทางด้านซ้าย จากนั้นเดินอ้อมมาอีกด้าน เราก็จะเจอแท่นสวิตช์ไฟให้ไขปริศนา เมื่อแก้ปริศนาได้แล้ว ประตูกรงจะเลื่อนลงมาปิดทาง และระฆังก็จะดังขึ้น ฉากก็จะตัดไปที่ลีออน พอได้ยินเสียงระฆัง พวกชาวบ้านก็จะเดินเข้าประตูบ้านไปกันจบหมดแล้วก็จะจบ Chapter 1
Chapter 2 : Rescue Luis – เอด้าที่กำลังหาข้อมูลในบ้านของเมนเดส สักพักเวสเกอร์จะโทรมาบอกว่านักวิจัยที่ได้ส่งให้เข้าไปทำงานกับแซดเลอร์ก่อนหน้านี้ได้ถูกจับตัวไป ให้เอด้ารีบไปช่วยด่วน เพราะมีตัวอย่างการทดลองที่เวสเกอร์ต้องการ นักวิจัยคนนั้นก็คือ “ลุยซ์” นั่นเอง ในห้องที่เอด้าอยู่จะมีพ่อค้าด้วย เมื่อเตรียมตัวเสร็จแล้วก็ออกจากห้องได้เลย จากนั้นเดินออกประตูที่อยู่ชั้นล่าง เราจะเจอศัตรูดักรอเราอยู่ (มีศัตรูที่ถือเลื่อยด้วย) กำจัดให้หมดแล้วเดินมาตามทางจนเข้าประตูไป
เราจะเข้ามายังหมู่บ้านแรก กำจัดศัตรูให้หมด แล้วเดินเข้าประตูไปในส่วนของพื้นที่โรงนา กำจัดศัตรูที่อยู่ในพื้นที่นี้ให้หมด แล้วเดินออกประตู เดินไปตามทาง จนลอดอุโมงค์ เราจะเจอซากหมู่บ้าน ซึ่งจะมีศัตรูรออยู่อีกกลุ่ม (ระวังตัวที่จะขว้างระเบิดด้วย) เมื่อกำจัดศัตรูหมดแล้ว จะตัดเข้าสู่ฉากมูฟวี่ ลีออนและลุยซ์จะถูกพวกชาวบ้านแบกออกไป ซึ่งเอด้าก็จะซุ่มดูอยู่ จากนั้นจุดหมายของเราก็จะเปลี่ยนไป โดยให้เราวิ่งกลับทางเดิม แต่จะมีศัตรูดักรอเราอยู่ระหว่างทางด้วย เมื่อใกล้ถึงบ้านของเมนเดส ฉากจะตัดเป็นคุทซีนให้เราเห็นว่าเมนเดสกำลังจะเข้าไปในบ้าน ขณะที่ลีออนที่อยู่ชั้นบน กำลังหาของบางอย่างอยู่
เดินต่อเข้าไปให้ถึงบ้านของเมนเดส เราก็จะพบว่าลีออนกำลังถูกเมนเดสซ้อมอยู่ และในขณะที่ลีออนกำลังเสียท่าเมนเดส เอด้าจะเข้าไปช่วย ทำให้เมนเดสหันกลับมาตามล่าเอด้าแทน เอด้าจะวิ่งหนีเข้าไปในป่าแต่สุดท้ายก็จะถูกชาวบ้านจับตัวไปอยู่ดี เมื่อเอด้าฟื้นขึ้นมา ให้เรารีบกดปุ่มที่แสดงขึ้นมาให้ทัน แล้วจัดการศัตรูให้หมด เดินมาตามทาง แล้วกระโดดลงมาด้านล่าง กำจัดศัตรูตามทาง จนเราออกมาด้านนอก ขึ้นมาด้านบน เมื่อเปิดเข้าไปในห้องควบคุมกระเช้า เราจะเจอกุญแจอยู่บนโต๊ะ (Iron Key) และมีพ่อค้าอยู่ที่นี่ด้วย
เดินลงบันไดมาชั้นล่างสุด เราจะเจอประตูเหล็กบานใหญ่ ให้ใช้กุญแจที่เพิ่งได้มา เดินเข้าไปในโกดัง เราจะเจอศัตรูดักรอเราอยู่ และศัตรูที่ถือเลื่อย เมื่อเรากำจัดได้ เราก็จะได้ Lift Activation Key จากนั้นเดินกลับมาที่ห้องควบคุมกระเช้า (มีศัตรูดักรอตลอดทาง) ใช้กุญที่เพิ่งได้มา ก็จะทำให้กระเช้าทำงานได้อีกครั้ง ขึ้นกระเช้ามาด้านบน จากนั้นเดินไปตามทาง (ผ่านประตู) ไปใกล้ๆกับกำแพงไม้ จะมีคำสั่งให้เราสามารถยิงสลิงค์ได้ (Hook Shot) แล้วเอด้าจะเข้าไปด้านใน ก่อนที่เราจะเดินออกประตูอีกฝั่ง เราจะได้เจอศัตรูที่เป็นยักษ์ (Al Gigante) ซึ่งเราจะสู้หรือหนีเลยก็ได้ เมื่อเดินออกมาด้านนอกแล้ว ฉากก็จะตัดไปให้เราดูมูฟวี่ ซึ่งเป็นเหตุการณ์ที่ลีออนและลุยซ์ได้กำจัดชาวบ้านที่จะบุกเข้าไปในบ้านเสร็จ (Chapter 2-2: Road to Freedom) แล้วลุยซ์จะขอแยกกับลีออน ออกมาเจอเอด้า ซึ่งเอด้าจะทวงตัวอย่างการทดลอง แต่ลุยซ์จะบอกว่ากำลังจะไปเอามานี่แหละ แล้วเดินจากไป จบ Chapter 2
Chapter 3 : Retrieve The Sample – เริ่มฉากมาจะมูฟวี่ในตอนที่ลีออนได้เจอกับเอด้าเป็นครั้งแรก (ในปราสาทของซาราซ่า หลังจากที่ลีออนขึ้นมาจากสวนได้แล้ว Chapter 3-2: Underground Plague) หลังจากที่แยกกัน เวสเกอร์จะโทรมาบอกกับเอด้าว่าลุยซ์ได้ตัวอย่างการทดลองมาแล้ว และรอเอด้าอยู่ที่จุดนัดพบ และถ้าเจอกับลีออนให้จัดการได้ทันที เมื่อคุยเสร็จให้เราหาทางออกจากสวนโดยเราจะต้องกำจัดหัวหน้าที่ใส่ชุดสีแดง แล้วประตูใหญ่ถึงจะเปิดออก เดินกลับเข้าไปในห้องที่เจอกับลีออน เดินเข้าไปในห้องอาหาร แล้วจะมีประตูที่อยู่ใกล้ๆจุดที่เราต้องยิงแก้วไวน์ เมื่อเข้าไปเราจะเจอพ่อค้าอยู่ในห้อง เดินออกอีกประตู จนทะลุออกไปด้านนอกอีกครั้ง ให้เราเดินไปที่ห้องที่มีน้ำพุอยู่ด้านหน้า (ห้องที่ ตอนเล่นเนื้อเรื่องของลีออนเราจะต้องให้แอชลีย์ปีนเข้าไปเปิดประตูให้) ให้เราเดินแถวๆหน้าประตูจะมีจุดที่เอด้าสามารถยิงสลิงค์เข้าไปด้านในได้ ที่ด้านในเราจะได้ Hourglass เดินกลับมาที่ห้องอาหาร แล้วไปด้านในต่อ เอด้าจะโดนกรงหล่นลงมาขัง พร้อมกับศัตรูที่มีกรงเล็บ ให้เราสำรวจที่หีบสมบัติตรงกลางห้อง แล้วใส่นาฬิกาทรายที่เพิ่งได้มา จะทำให้ประตูเปิดออก ส่วนศัตรูเราจะสู้หรือไม่ก็ได้ ออกจากห้องแล้วเอด้าจะเจอลีออนกำลังสู้กับศัตรูที่อยู่ด้านล่าง ให้เรากำจัดศัตรูที่เข้ามาขวางทางแล้วเดินเข้าประตูที่อยู่อีกฝั่ง มาจนถึงห้องโถงแล้วก็จะเข้าสู่คัทซีน เอด้าจะได้ยินเสียงฝีเท้าใครบางคนกำลังเข้ามาในห้อง เป็นลีออนนั่นเอง และในขณะที่ลุยซ์กำลังจะเอาตัวอย่างการทดลองให้ลีออน ก็จะถูกแซดเลอร์ชิงไปได้ก่อน สุดท้ายเอด้าจะรายงานไปหาเวสเกอร์ ว่าแซดเลอร์ได้ตัวอย่างการทดลองไปแล้ว เวสเกอร์จะถามว่ากำจัดลีออนไปหรือยัง เพราะต้องการจะใช้ลีออนเป็นเครื่องมือ ไปเอาตัวอย่างการทดลองมา แล้วทำการแย่งจากลีออนทีหลัง จบ Chapter 3
Chapter 4 : Stop Leon Assassination – หลังจากที่เอด้าคุยกับเคราเซอร์จบ ระหว่างที่เอด้ากำลังเดินออกมาด้านนอก เวสเกอร์จะโทรมาบอกให้เอด้าไปเอาตัวอย่างการทดลองมา ส่วนลีออนจะให้เคราเซอร์ไปจัดการ เมื่อวางโทรศัพท์ เอด้าก็จะต้องรีบไปช่วยลีออนทันที เดินเข้ามาตามทาง ผ่านห้องด้านซ้าย แล้วออกไปอีกด้าน (ระวังตัวยิงธนูดักรออยู่ข้างบน) จากนั้นใช้ปืนยิงสลิงค์ในจุดที่มีตัวธนูยืนอยู่เราจะขึ้นมาด้านบน เดินเข้าประตูไปในส่วนของโรงงานต่อเรือ เดินมาสักพักแล้วจะมีศัตรูกลุ่มใหญ่บุกเข้ามา แถมป้อมปืนต่างๆที่อยู่บนเรือก็จะเล็งมาที่เราด้วย **วิธีเล่นตรงนี้คือ ให้เรารีบวิ่งกลับไปตรงจุดที่เราเพิ่งจะเข้ามา (ใกล้ๆกับประตู) รอให้ศัตรูเดินมา (มี 3-4 ตัว) แล้วกำจัดศัตรูให้หมด จากนั้นวิ่งลงไปเก็บคีย์การ์ด (Activation Key Blue) แล้ววิ่งกลับมาใช้ที่ป้อมปืนกล จะทำให้เราสามารถใช้ป้อมปืนกลได้ แล้วยิงกำจัดปืนอีกฝั่งให้หมดทั้ง 3 ป้อม** แล้วลิฟต์ก็จะทำงาน ขึ้นลิฟต์แล้วข้ามไปบนเรือ จัดการกับศัตรูให้หมด แล้วขึ้นมาด้านบน จนถึงจุดที่จะมีป้อมปืนโผล่ขึ้นมาโจมตีเรา ให้เรารีบวิ่งมาหลบหลังกำแพง แล้วยิงสลิงค์เพื่อขึ้นมาด้านบน เก็บ Activation Key Red แล้วเดินมาตรงที่มันมีจุดยื่นออก เราจะสามารถยิงสลิงค์เพื่อข้ามไปยังฝั่งตรงข้ามได้ เมื่อข้ามมาแล้วจะมีป้อมปืนอยู่ใกล้ๆ ให้ใช้คีย์การ์ดที่ดพิ่งได้มา **หลังจากที่เรายิงปืนไปแล้ว จะมีเวลาให้เราประมาณ 3 นาที ให้เรารีบกำจัดป้อมปืนให้หมด แล้วกระโดดลงไปขึ้นลิฟต์เพื่อข้ามไปยังเรืออีกครั้ง วิ่งเข้าประตูที่อยู่ด้านบน เรือก็จะระเบิดจะจมในที่สุด**
จากนั้นเดินขึ้นมาตามทาง เราจะเจอกับพ่อค้าและจุดเซพก่อนที่จะเดินเข้าประตูไป เดินมาตามทาง แล้วกระโดดลงมาด้านล่าง (พื้นด้านล่างสุด) กำจัดศัตรูให้หมด แล้วเดินมายังจุดที่มีตัวยิงธนูยืนรอเราอยู่ด้านบน จะสามารถยิงสลิงค์ขึ้นมาได้ เดินเข้าประตูกรงไป แล้วกำจัดศัตรูมาตามทาง เราจะเดินอ้อมมาอีกฝั่ง จากนั้นเราจะเจอบันไดปีนขึ้นไปด้านบน แล้วเราจะโผล่มาที่ห้องที่แซดเลอร์ได้ใช้พลังจิตเพื่อจับตัวแอชลีย์ไป (Chapter 5-2: Riding Shotgun) เดินกำจัดศัตรูมาตามทาง เราจะผ่านห้องต่างๆมา จนมาถึงห้องสุดท้าย เราจะได้ยินเสียงลีออนและเคราเซอร์กำลังต่อสู้กันอยู่ ให้เรารีบวิ่งเข้ามาด้านใน จะมีจุดที่เราสามารถยิงสลิงค์เพื่อปีนขึ้นมาด้านบนได้ แล้วฉากก็จะตัดเข้าสู่คัทซีน ถึงตอนที่ลีออนกำลังสู้กับเคราเซอร์อยู่ จนลีออนพลาดท่าให้กับเคราเซอร์ เราจะต้องกดปุ่มที่แสดงขึ้นมาให้ทัน แล้วเอด้าจะยิงปีนสกัดมีดของเคราเซอร์ แล้วเคราเซอร์ก็จะหนีไป คุยกันสักพัก เอด้าก็จะแยกตัวไปก่อน จบ Chapter 4
Chapter 5 : Obtain The Sample – เอด้าจะเข้ามาในขณะที่ ไมค์ ขับเฮลิคอปเตอร์มาช่วยลีออน ซึ่งเวสเกอร์ก็จะติดต่อมา เอด้าจะรายงานว่าเคราเซอร์ตายแล้ว ดังนั้นแผนในตอนนี้ของเวสเกอร์ก็คือให้ลีออนกับแซดเลอร์สู้กัน ใครที่รอดก็ให้เอด้าจัดการแล้วเอาตัวอย่างการทดลองกลับมา เดินเข้ามาตามทาง เราจะเจอสภาพค่ายหลังจากโดนลีออนและไมค์ถล่ม แต่ยังมีศัตรูให้เราต้องกำจัดอยู่อีกมาก โดยในพื้นที่แรก เราก็จะเจอกับศัตรูตัวใหญ่ที่แบกปืนกลเลย กำจัดให้ได้ แล้วเข้าไปด้านในต่อ จากนั้นเราก็จะมาติดอยู่ในห้องที่เราจะไม่สามารถออกไปได้ และจะมีศัตรูกระโดดลงมาโจมตีเราอยู่เรื่อยๆ ให้เราพยายามกำจัดศัตรูให้หมด สักพักประตูก็จะเปิดออก เดินขึ้นมาด้านบน จะมีรอกให้เราโหนลงไปด้านล่าง เมื่อลงมาแล้ว กดสวิตช์ที่อยู่ใกล้ๆแล้วประตูก็จะเปิดออก เข้าไปยังพื้นที่ต่อไป ให้เรากำจัดศัตรูที่ถือธนูให้หมดก่อน เป้าหมายของเราคือการกดสวิตช์ที่อยู่ด้านบนทั้ง 2 อัน แต่จะมีศัตรูที่ถือปืนกลเฝ้าอยู่ที่สวิตช์ทั้ง 2 อัน กำจัดให้ได้ แล้วเดินไปกดสวิตช์ทั้ง 2 ประตูใหญ่ก็จะเปิด เดินผ่านประตูไปแล้วเราจะเข้าสู่เหตุการณ์หลังจากที่เฮลิคอปเตอร์ของไมค์ตก และลีออนได้ล่วงหน้าเราเข้าไปด้านในก่อนแล้ว ให้เราเดินอ้อมมาอีกด้าน เข้าประตูไป เดินเข้ามาแล้วจะมีทางกระโดดลงไปด้านล่าง เข้ามาข้างในก็จะเป็นคัทซีนตอนที่ลีออนจะควบคุมตัวเองไม่ได้ และได้เข้าไปทำร้ายเอด้า แต่สุดท้ายเอด้าจะเอาตัวรอดได้ คุยกันสักพักเอด้าก็จะแยกตัวไป
เดินต่อเข้ามาด้านใน ส่วนที่เป็นห้องขัง จะมีศัตรูบุกออกมา จัดการให้หมดแล้วผ่านประตูออกไปด้านนอก เราจะได้เจอกับเคราเซอร์ กำจัดมันให้ได้ วิธีการสู้คือ กดหลบมันไปเรื่อยๆ จนมันใช้ท่ากระโดดเสียบลงมาด้านล่าง (แล้วมันจะนิ่งไปสักแปปนึง) ให้เรารีบเอามีดฟันที่หัวมัน แล้วมันจะหนีไป แต่เอด้าจะโหนตัวตามมันไปเรื่อยๆ จนฆ่ามันได้ จากนั้นเราจะเจอพ่อค้าให้เราเตรียมตัวให้ดี เพราะต่อไปเราจะต้องสู้กับแซดเลอร์ เมื่อเตรียมตัวเสร็จ ให้เราเดินมาด้านในจะมีจุดที่สามารถยิงสลิงค์เพื่อปีนเข้าไปด้านในได้ เมื่อเข้ามาด้านในแล้วจะเป็นฉากที่ลีออนเข้ามาเจอแอชลีย์ถูกขังอยู่ในแคปซูล และกำลังจะสู้กับแซดเลอร์ แต่เอด้าจะเข้ามาขวางและยิงถังน้ำมันลงมาปิดทาง ทำให้ลีออนหนีไปได้ แซดเลอร์จึงหันมาจัดการกับเอด้าแทน วิธีการสู้คือ ให้เราพยายามยิงที่หัวมัน แล้วตามันจะงอกออกมาจากปาก ให้เรารีบวิ่งเข้าไปเอามีดเสียบ ทำอย่างนี้ไปเรื่อยๆ ก็จะจัดการมันได้ และให้ระวังการโจมตีของมันที่เราจะต้องกดปุ่มหลบ (มีการโจมตี 2 ครั้งติด) เมื่อกำจัดมันได้แล้ว ในขณะที่เอด้ากำลังจะเดินไปเก็บหลอดตัวอย่างการทดลองที่ตกอยู่ที่พื้น แซดเลอร์ซึ่งยังไม่ตาย จะลอบโจมตีเอด้า สุดท้ายจะเป็นฉากที่ลีออนขึ้นมาช่วยเอด้าที่ถูกจับแขวนอยู่ และสู้กับแซดเลอร์ต่อไป (Final Chapter: Saddler’s last stand / Escape from Plaga Island) ฉากจะตัดมาที่เอด้าซึ่งเราจะมีเวลา 2 นาที ในการวิ่งไปหยิบ RPG เพื่อโยนให้ลีออน แต่หนทางที่จะไปเอาปืนนั้น จะมีศัตรูรอดักโจมตีเราอยู่เยอะมาก (ใช้ลูกซองยิงเปิดทาง แล้วรีบวิ่งฝ่าไปเลย) เมื่อเราเก็บ RPG ได้แล้ว เอด้าก็จะโยนปืนลงไปให้ลีออนเพื่อใช้กำจัดแซดเลอร์ และสุดท้ายเอด้าก็จะชิงตัวอย่างการทดลองแล้วขึ้นเฮลิคอปเตอร์หนีไป จบ…
