หลังจากที่คริสและเชว่าเจอเวสเกอร์กำลังจะหนีขึ้นเรือใน Chapter 5-3 : Uroboros Research Facility คริสและเชว่า จะรีบตามเวสเกอร์ไปขึ้นเรือด้วย ให้เราเดินไปตามทาง เราจะเจอศัตรูบุกเข้ามาโจมตีตลอดทาง โดยเป้าหมายของเราคือเดินไปอีกด้านของเรือ (ตามจุดกระพริบสีเหลือง)
ซึ่งระหว่างทาง เราจะเจอประตูที่ต้องใช้คีย์การ์ดเปิด ตอนนี้ยังไม่ต้องสนใจ ให้เราเดินผ่านไปก่อน เดินมาตามทาง แล้วเราจะต้องปีนขึ้นมาด้านบน จากนั้นเราจะต้องดันกล่องเพื่อให้มีทางไปต่อ เมื่อกระโดดลงมา เชว่าจะถูกศัตรูเลื่อนกรงลงมาขัง ให้คริสกำจัดศัตรู เพื่อหาคีย์การ์ด เมื่อได้คีย์การ์ดมาแล้ว เดินกลับมาที่ประตู เดินเข้ามา จากนั้นปีนขึ้นมาด้านบน จนถึงจุดที่ไว้บังคับเครน คริสจะเลื่อนกรงที่ขังเชว่าออก
แล้วให้คริสเดินลงมาหาเชว่า ต่อไปเราจะต้องหาทางปีนขึ้นไปบนตู้คอนเทรนเนอร์ กระโดดไปตามตู้จนถึงจุที่มีสวิตช์สีเขียว เราจะต้องยิงสวิตช์อีกฝั่งเพื่อให้เพื่อนขึ้นไปด้านบน และเพื่อนก็จะต้องยิงฝั่งเราเพื่อให้เราขึ้นไปด้านบนด้วยเช่นกัน
เดินไปยังจุดกระพริบสีเหลือง แต่ก่อนที่จะถึงเราจะโดนฝูงหมา วิ่งมาจู่โจมเรา กำจัดให้ได้ แล้วเปิดประตูเข้ามาด้านในของเรือ เดินลงมาด้านล่างจนสุด เราจะเจอปืน (Jail Braker) จากนั้นเดินเข้าไปในห้อง จะเจอเอ็กเซลล่าซึ่งกำลังเก็บของบางอย่างอยู่ เมื่อเห็นคริสและเชว่าบุกเข้าไป เอ็กเซลล่าจะตกใจเล็กน้อย จากนั้นจะวิ่งหนีคริสและเชว่าไปได้
เดินต่อเข้ามาด้านใน จะเป็นส่วนของโกดัง เมื่อเราเข้ามาสักพัก จะมีเสียงเตือนดังขึ้น และจะมีศัตรูบุกเข้ามาเยอะมาก ให้เรากำจัดศัตรู และเดินต่อไปตามทาง อ้อมมาอีกฝั่ง แล้วโดดลงมาด้านล่าง เดินมาสักพัก ศัตรูอีกชุดก็จะเข้ามาเสริม จัดการให้หมด แล้วเราจะต้องกระโดดลงไปด้านล่าง
ที่ด้านล่างจะเป็นทางเดินแคบๆ เมื่อเราเดินไปสักพัก ก็จะมีศัตรูโผล่ออกมา เป็นระยะๆ กำจัดให้หมดแล้วเดินมาจนสุดทาง จะมีบันไดให้ปีนขึ้นมา กำจัดศัตรูให้หมด แล้วเราจะเจอทหารถือปืนกลออกมาโจมตีเรา ให้เรากำจัดมันให้ได้ แล้วสำรวจที่ศพมัน เราจะได้ Tanker Keycard A จากนั้นขึ้นบันได แล้วอ้อมมาอีกฝั่งเราจะเจอตู้เซฟซึ่งข้างในก็จะมี Tanker Keycard B
เดินกลับมาที่ประตู ซึ่งประตูนี้จะต้องใช้คีย์การ์ดทั้ง 2 ใบ ที่เราเพิ่งได้มา ผ่านประตูเข้ามาในนี้ระวังให้ดี เพราะจะมีศัตรูถือปืนยิงจรวด ให้เราพยายามจัดการมันให้ได้ จากนั้นเดินเข้ามาด้านในสุด จะเจอลิฟต์ เมื่อเราเข้าไปในลิฟต์ ฉากก็จะตัดเป็นมูฟวี่
เวสเกอร์ซึ่งจะรู้ตัวแล้วว่าพวกคริสได้ตามเข้ามาจนจะถึงตัวแล้ว และเวสเกอร์ก็จะนึกไปถึงเหตุการณ์ในอดีต ที่ได้จัดการสเปนเซอร์ ซึ่งเหตุการณ์ในวันนั้น สเปนเซอร์ซึ่งคิดว่าตัวเองจะได้เป็นพระเจ้า เพราะสามารถสร้างมนุษย์สายพันธุ์ใหม่ขึ้นมาได้ (ก็คือเวสเกอร์นั่นเอง) สุดท้ายสเปนเซอร์ก็ถูกเวสเกอร์ฆ่าตาย และเวสเกอร์ก็ได้แนวคิดที่ตัวเองจะได้เป็นพระเจ้าจากเหตุการณ์นี้นั่นเอง จบ Chapter 6-1 : Chip Deck
