เริ่มเกมมา เราจะเป็นชายใส่หมวก ดูท่าทางมีพิรุธ กระโดดเข้ามาในสถานที่แห่งหนึ่ง ในขณะที่เราบังคับตัวละคร ก็จะมีเสียงคอยสื่อสารกับเราอยู่ตลอด โดยภารกิจของเราคือการแฮคข้อมูลของตัวเองในระบบ ctOS และลบข้อมูลของตัวเองทิ้ง
เมื่อเราสามารถบังคับตัวละครได้แล้ว ให้เราเดินไปทางขวามือ จะเห็นบันได ให้เราปีนขึ้นมาด้านบน แล้วระบบก็จะสอนเกี่ยวกับการบังคับเรื่องการ หลบเข้าที่กำบัง (cover) ให้เราหลบเข้าที่กำบังจนไปเจอยามที่เดินอยู่ แล้วย่องเข้าไปโจมตีจากทางด้านหลัง แล้วระบบจะสอนเกี่ยวกับการเปลี่ยนอาวุธ ซึ่งอาวุธที่ติดตัวเราตลอดคือ สายเหวี่ยงลูกเหล็ก และปืนที่ติดตัวเราตอนนี้คือปืนไฟฟ้า ซึ่งเมื่อเรายิงใส่ศัตรูแล้ว จะทำให้สลบ (และสักพักก็จะตื่นขึ้นมา)
หลังจากที่เราโจมตียามตัวแรกเรียบร้อยแล้ว เราจะเห็นยามที่เดินไป-มา ข้างล่าง อีก 2 คน ให้เราลงมาด้านล่าง จะจัดการยามหรือไม่ก็ได้ โดยเราจะต้องเดินข้ามไปอีกฝั่ง แล้วเดินขึ้นบันไดมา ระบบก็จะสอนเรื่องการกด L1 ค้าง เพื่อเล็งวัตถุหรือคนที่เราต้องการจะแฮค กด R3 แล้วภาพจะเปลี่ยนโหมดเป็นดูแบบ Dataflow (เราจะเห็นทางเดินของข้อมูลเป็นเส้น)
โดยเมื่อเข้าสู่โหมดดู Dataflow แล้ว เราจะเห็นเส้นจากเครื่องที่ติดอยู่หน้าประตู (เส้นสีแดง) อ้อมไปทางด้านหลัง แล้วเชื่อมไปยังเครื่องที่อยู่ด้านบน ให้เราปีนขึ้นไปแล้วกด สามเหลี่ยมค้าง ที่เครื่อง ก็จะเป็นการปิดระบบความปลอดภัย (เราจะสามารถแฮคประตูได้ โดยสังเกตที่เส้นสัญาญาณจะเปลี่ยนเป็นสีฟ้า)
จากนั้นไปกด L1 ที่ประตู เพื่อแฮคเปิดประตู (กด X) เราก็จะเข้าไปด้านในได้ เมื่อเข้ามาด้านในแล้ว ภาพจะตัดมาที่คนอีกกลุ่มที่ดูเหมือนจะเฝ้ามองเราอยู่ และได้ดูข้อมูลส่วนตัวของเราด้วย (เราจะชื่อมากัส โดนขึ้นบัญชีเฝ้าระวัง แถมคดีอีกอื้อ)
เมื่อฉากตัดกลับมาที่เรา ซึ่งได้บุกเข้ามาในส่วนของออฟฟิศแล้ว เราจะต้องหาทางไปต่อ แต่ประตูที่เราจะต้องผ่านมันล็อกอยู่ ให้เราใช้โหมด Dataflow โดยในโหมดนี้เราจะสามารถเห็นกล้องและสิ่งต่างๆที่แฮคได้จากระยะไกล ซึ่งเราจะต้องแฮคกล้องวงจรปิดข้ามไปเรื่อยๆ จนมาเจอโน๊ตบุ๊คที่เป็นตัวปลดล็อค (สังเกตจากสัญลักษณ์กุญแจสีแดง คือจุดที่เราจะต้องแฮคกล้องไปให้ถึง)
เมื่อแฮคสำเร็จให้ออกจากโหมด Dataflow แล้วกลับมาที่ตัวเรา จากนั้นทำการแฮคเพื่อเปิดประตู เดินเข้ามาแล้ว เป้าหมายต่อไปของเราก็คือการปิดระบบ Server ในฝั่งของ server tower โดยตอนนี้ให้เราสังเกตลูกศรที่เป็นสีส้ม จะชี้จุดที่เราจะต้องไป จะอยู่ชั้นบนของอีกฝั่งที่เราเข้ามา ซึ่งจะมียามเดินไป-มา อยู่หลายคนด้วยกัน หาทางไปให้ถึงจุดหมาย (เราไม่สามารถแฮคระยะไกลได้ เพราะจุดนี้เราจะเป็นการแฮคแบบ Physical Hack หรือแบบที่เราจะต้องเข้าไปแฮคด้วยตัวเอง)
เมื่อเราเดินมาถึงจุดหมาย ให้เรากด สามเหลี่ยมค้างไว้ ระบบก็จะเริ่มกระบวนการปิดระบบ (เราจะต้องรออยู่แถวนั้นให้เต็ม 100%) เื่อปิด server ได้แล้วให้เราขึ้นมาด้านบน จากนั้นปีนบันไดเพื่อที่จะเข้าไปยังใจกลางของ Server tower แล้วเราจะทำการแฮค server ใหญ่ เพื่อแฮคทั้งระบบของ ctOS ได้
เมื่อเราแฮค server ใหญ่เรียบร้อยแล้ว ต่อไปก็ไปยังห้องควบคุม (อยู่ที่ชั้น 6) เมื่อมาถึงแล้ว เราจะยังเข้าระบบไม่ได้ ให้เราเปิดโหมด Dataflow แล้วทำการแฮคโดยการหมุนจุดที่คล้ายๆกับท่อ ให้สัญญาณมันเดินทางมาที่เครื่องควบคุมได้ (ใครที่เคยเล่นภาค 1 มาแล้วจะคุ้นเคยกับระบบนี้ดี)
เมื่อสำเร็จแล้ว เราก็จะทำการปล่อยไวรัสเข้าไปเจาะระบบ เพื่อลบข้อมูลของเราทั้งหมด และสร้างข้อมูลปลอมๆขึ้นมาใหม่ ตรงนี้ให้เรากดตกลงไปเรื่อยๆ แล้วเราจะได้สร้างข้อมูลปลอมของตัวเราขึ้นมา (สร้างอะไรก็ได้ ไม่มีผลต่อเกม)
เมื่อเราทำงานสำเร็จ แฮคเกอร์อีกพวกที่คอยดูเราอยู่ จะบุกมาคุมตัว แต่ตอนนี้เราจะต้องหาทางออกจากที่นี่ให้ได้ โดยเมื่อเราสามารถบังคับตัวละครได้แล้ว ระบบจะสอนเรื่องการแฮคพวกหม้อแปลง เพื่อโจมตีศัตรู โดยให้เราจัดการยามที่เดินอยู่ใกล้ๆ แล้วทำการหนีลงไปชั้นล่าง (สังเกตจุดสีส้มคือจุดที่เราจะต้องไป)
พอเราเดินมาถึงจุดเป้าหมายแล้ว ฉากจะตัดเป็นคัทซีน ที่เหมือนว่าเราจะวิ่งมาเจอทางตัน แถมมียามวิ่งเข้ามาจากด้านหลังอีก 2 คน แต่เราจะทำการแฮคประตูและหนีไปได้สำเร็จ เมื่อออกมาด้านนอก เราก็จะถูกใครบางคน คลุมหัวแล้วจับตัวไป ฉากก็จะตัดไปเป็นโฆษณาของระบบ ctOS ที่จะอธิบายถึงความสามารถที่ครอบคลุมทั้งเมือง เป็นแหล่งรวบรวมข้อมูลขนาดใหญ่ แต่สุดท้ายโฆษณาตัวนี้เหมือนจะถูกจัดทำโดยกลุ่มแฮคเกอร์ เพราะโฆษณาชิ้นนี้ได้แฉถึงกลโกงที่ระบบ ctOS ได้กระทำต่อคนทั่วไป ไม่ว่าจะเก็บรวบรวมข้อมูลการเจ็บป่วย ความสนใจต่างๆของเรา และเอาข้อมูลของเราไปขาย เพราะฉะนั้น เหล่าแฮคเกอร์จึงได้ลุกขึ้นประกาศสงครามกับระบบ ctOS นั่นเอง
แล้วภาพก็จะตัดมาที่เราที่ถูกจับตัวมา แท้จริงแล้วคนที่จับตัวเรามาก็คือกลุ่มแฮคเกอร์ที่ชื่อ DedSec ซึ่งก็คือกลุ่มที่เราอยากเข้าร่วมนั่นเอง สุดท้ายเราก็จะได้เข้าร่วมกลุ่มและมีการแนะนำตัวกันเล็กน้อย ก่อนที่จะมีการฉลองจนเมาหัวราน้ำ แต่จะมีฉากที่สำคัญอยู่ ในขณะที่มาคัสไปยืนฉี่อยู่ จะไปชนชายคนหนึ่งที่กำลังวิ่งจ๊อกกิ้ง ซึ่งชายคนนั้นจะกลายมาเป็นศัตรูตัวฉกาจสำหรับเรา (แถมเราเสียท่ามันด้วย)
ตัดกลับมาตอนเช้าจะมีโทรศัพท์เข้ามาหาเรา (แต่โทรศัพท์ใครก็ไม่รู้เพราะโทรศัพท์ของเราปาทิ้งน้ำไปแล้วเมื่อคืน) สุดท้ายเราจะถูกปลุก แล้วให้ไปเจอกันที่ ฐานทัพลับ แล้วฉากก็จะตัดเข้าสู่เกม (ที่ผ่านมาคือ Intro นั่นเอง) เมื่อเราสามารถบังคับตัวละครได้แล้ว ให้เราเปิดโทรศัพท์ (กดปุ่ม Start) แล้วทำการลง App Nudle Maps จากนั้นเปิด App แผนที่ขึ้นมา แล้วหาร้านขายเสื้อผ้า ไปซื้อเสื้อผ้ามาใส่ให้เรียบร้อย (เลือกเอาตามชอบเลยว่าจะเอาร้านไหน)
เมื่อซื้อเสื้อผ้าเสร็จ ซิทาร่า (ผู้หญิงที่เราคุยด้วย) จะส่งโลเคชั่น ฐานทัพลับ (hackerspace) มาให้ ก็ให้เราหารถสักคัน แล้วขับไปรายงานตัวที่ฐานลับของเรา (เราสามารถเปิดแผนที่เพื่อทำการ set จุดที่เราจะไป แล้วเวลาที่เราขับรถ มันจะมีระบบนำทางหรือเส้นสีฟ้าที่พื้นถนนให้ขับตาม) เมื่อเรามาถึง ฐานลับของเราจะอยู่ในร้านบอร์ดเกม เดินเข้าไปในร้าน ผ่านจุดที่มีคนกำลังนั่งเล่นบอร์ดเกม เราก็จะเจอประตูทางเข้า ให้เราเดินเข้าไปกด สามเหลี่ยมค้าง เราจะใส่รหัสผ่าน เมื่อเดินลงมาด้านล่างก็จะมีการแนะนำตัวกันเล็กน้อยก็จะจบภารกิจ
