หลังจากที่เราเจอข้อมูลบางอย่างในห้องทำงานของคุณลีแล้ว (Marvel’s Spider-Man : Hidden Agenda) สไปเดอร์แมนจะรายงานไปให้หัวหน้ายูริรู้ เพื่อส่งคนเข้ามาเก็บหลักฐาน ซึ่งสไปเดอร์แมนจะรู้ว่าพวกเดม่อนมีการวางแผนเพื่อจะโจมตีอีก แต่ยังไม่รู้ว่าที่ไหนหรือเมื่อไหร่ แต่ที่แน่ๆ สไปเดอร์แมนพอจะเดาได้แล้วว่าพลังของคุณลี (มิสเตอร์เนกะทีฟ) อาจจะเป็นอาวุธชีวภาพ ที่ออสบอร์นคิดค้นขึ้น โดยทั้งหมดนี้จะต้องลองไปหาข้อมูลต่อ
จากนั้นสไปเดอรืแมนก็จะโทรไปหา MJ แต่เธอกำลังงานเข้า (อาจจะกำลังคุยอยู่กับเจ้านาย) โดยจะคุยกันเล็กน้อย แล้ว MJ จะบอกว่าค่อยคุยต่อกันที่บ้านของ MJ คืนนี้
แต่ในขณะที่สไปเดอร์แมนกำลังคิดว่าเย็นนี้จะกินอะไรกับ MJ ดี ดร.อ๊อดโต้ก็จะโทรมา แล้วบอกให้รีบเข้ามาหาที่แล็ป เดี๋ยวนี้เลย ตอนแรกปีเตอร์จะปฏิเสธ เพราะมีนัดกินช้าวกับ MJ แล้ว แต่ดร.อ๊อดโต้จะบอกให้รีบมาดู แค่แป๊ปเดียว ถึงตรงนี้ ก็จะมีจุดเป้าหมายขึ้นมาบนแผนที่ ซึ่งก็จะเป็นภารกิจในตอนนี้
ตรงไปยังห้องแลปได้เลย ซึ่งระหว่างทาง ดร.อ๊อดโต้จะฝากข้อความเสียงไว้ ข้อความว่า ตอนนี้ยังไม่มีเงินจ้างปีเตอร์ให้ทำงานต่อ แต่พอมีเส้นสายที่จะยืดระยะเวลาให้สามารถทำงานวิจัยต่อไปได้ โดยคิดว่าหากงานสำเร็จแล้ว น่าจะมีนักลงทุนสนใจที่จะเข้ามาลงทุนในโปรเจ็คนี้มากมาย
เมื่อเข้ามาในแลปแล้ว เราจะพบว่ามีกองพัสดุมากมาย โดยด็อกเตอร์ บอกว่า ได้ใช้เส้นสายที่มี ไปทำการกู้ยืมเงิน เพื่อมาทำโปรเจ็คนี้ต่อ จากนั้นให้เราเดินไปสำรวจที่แขนหุ่นด้านใน ภาพก็จะตัดเป็นคัทซีน ด๊อกเตอร์ ที่จะโชว์ผลการทดลองให้ปีเตอร์ดู แต่สุดท้ายเกิดเหตุขัดข้อง จนทำให้ดร.อ๊อดโต้เกิดอาการโมโหขึ้นมา ปีเตอร์จะบอกให้ด็อกเตอร์ไปพักก่อน เดี๋ยวเค้าจะเก็บกาดให้เอง
ในระหว่างที่ดร.อ๊อดโต้สามารถควบคุมอารมณ์ได้แล้ว ปีเตอร์จะถามถึงความหลังที่ดร.อ๊อดโต้และออสบอร์น เคยมีร่วมกัน ด็อกเตอร์จะเล่าให้ฟังว่าเค้าและออสบอร์นเป็นเพื่อนร่วมทดลองตั้งแต่สมัยเรียน และช่วยกันก่อตั้ง บริษัท ออสคอร์ปขึ้นมา โดยสาเหตุที่ออกจากบริษัทนั้นก็เพราะออสบอร์นได้ทดลองบางอย่างเกี่ยวกับเรื่องพันธุกรรม ซึ่งดร.อ๊อดโต้คิดว่ามันขัดต่อกฎหมาย เลยแยกตัวเองออกมาทำการทดลองของตัวเอง แต่สุดท้ายก็ไปไม่รอด และต้องคอยระดมทุนอยู่เรื่อยๆ
และท้ายโปรเจ็คนี้พังอีก ก็คง…. แล้วจากนั้นปีเตอร์จะขออาสาตรวจดูให้ ซึ่งดร.อ๊อดโต้ก็จะขอตัวไปชงกาแฟก่อน แล้วก็จะตัดมาที่หน้ามินิเกม (ตามรูปด้านบน) ให้เราแก้ปริศนาให้ได้
หลังจากที่แก้ปริศนาได้สำเร็จ ก็จะตัดเข้าคัทซีนอีกครั้ง โดยครั้งนี้ปีเตอร์จะทำการเทสแขนหุ่นอีกครั้ง ซึ่งก็จะสำเร็จำแำด้ด้วยดี แล้วปีเตอร์จะเกริ่นๆกับดร.อ๊อดโต้ว่า โปรเจ็คนี้ด็อกเตอร์ทำคนเดียวไม่ไหวแน่ ต้องมีคนช่วย แต่ดร.อ๊อดโต้ที่กำลังจะพูด ปีเตอร์ซึ่งรู้ว่าด็อกเตอร์จะพูดเรื่องอะไร จึงตัดบทไปว่า เรื่องเงินจ้างไม่มีปัญหา ให้ด็อกเตอร์เก็บเอาไว้ในงานโปรเจ็คได้เลย (ปีเตอร์จะทำงานฟรีให้)
เมื่อจบคัทซีนแล้ว เราจะเห็นว่ามีสายที่ไม่ได้รับ จาก MJ จึงบอกกับด็อกเตอร์ว่าจะขอกลับบ้านก่อน ให้เราเดินออกจากห้องแลปก็จะจบภารกิจ Marvel’s Spider-Man : A Fresh Start (Reward: ได้รับ EXP 3000)
