หลังจากที่สไปเดอร์แมน รู้ตำแหน่งห้องแลปที่ออสบอร์นใช้คิดค้นยาแก้พิษแล้ว (Marvel’s Spider-Man : Step Into My Parlour…) สไปเดอร์แมนจะบอกกับตัวเองว่า อยากให้คุณลีและดร.อ๊อดโต้ กลับมาเป็นคนเดิม เพราะทั้งสองคนนี้เคยเป็นคนที่ดีมาก่อน แต่เพราะความแค้นที่มีต่อออสบอร์นเลยทำให้ ทั้งสองคนกลายเป็นคนที่ยอมทำเลวเพื่อที่จะได้ล้างแค้น
จากนั้นสไปเดอร์แมนก็จะโทรไปแจ้งกับหัวหน้ายูริ ซึ่งเมื่อบอกตำแหน่งที่เป็นห้องแลปของออสบอร์นแล้ว หัวหน้ายูริก็จะบอกว่า พึ่งจะได้รับแจ้งว่ามีเฮลิคอปเตอร์ตกที่นั่นพอดี แล้วสไปเดอร์แมนก็คาดว่าน่าจะเป็นเฮลิคอปเตอร์ของออสบอร์นที่ตก
ให้เราตรงไปที่จุดเป้าหมาย จะเป็นตึกที่ออสบอร์นใช้เป็นห้องแลป เมื่อไปถึง จะพบว่ามิสเตอร์เนกกะทีฟและพวกเดม่อน ได้ทำการยึดตีกนี้ไว้เรียบร้อยแล้ว และได้คุมตัวออสบอร์นเข้าไปไว้ด้านในตึก (เฮลิคอปเตอร์ที่ตก เป็นของออสบอร์นที่นั่งมาที่นี่จริงๆ) ให้เราจัดการกับพวกเดม่อน ที่เฝ้าอยู่เต็มบริเวณนี้ แนะนำให้ใช้วิธีลอบฆ่าจะค่อนข้างง่าย
แต่เมื่อเราจะดการกับพวกเดม่อนไปสักพัก ซิลเวอร์จะโทรมาหาเรา เพื่อบอกว่า ให้เราอย่ามายุ่ง ตอนนี้ได้ส่งคนเข้าไปจัดการกับพวกเดม่อนแล้ว แต่สไปเดอร์แมนจะบอกว่า พวกเดม่อนมันยึดที่นี่ได้แล้วนะ ซิลเวอร์ที่จะไม่ฟัง ก็จะบอกสไปเดอร์แมนว่า อย่าหาว่าไม่เตือนนะ
เมื่อเราจัดการกับพวกเดม่อนเสร็จแล้ว ปรากฎว่ากองกำลังของเซเบิลก็จะเข้ามาโจมตีเรา ให้เราจัดการพวกเซเบิลให้หมด (พวกเซเบิลจะมีทั้งพวกที่อยู่บนพื้นและบนฟ้า) หลังจากที่จัดการหมดแล้ว ก็ให้เราไปสำรวจที่ประตูทางเข้า
ในขณะที่สไปเดอร์แมนกำลังเปิดประตูอยู่ ซิลเวอร์จะบุกเข้ามาจู่โจมสไปเดอร์แมน จนสุดท้าย สไปเดอร์แมนจะบอกว่า เราทั้งคู่จะสู้กันอยู่ตรงนี้ หรือจะรีบเข้าไปช่วยออสบอร์น ที่ตอนนี้โดนมิสเตอร์ลีจับตัวไป
เมื่อทั้ง 2 ตกลงที่จะร่วมมือกันช่วยออสบอร์น แล้ว จะมีพวกเดม่อนบุกเข้ามาอีกชุด ซิลเวอร์จะบอกให้สไปเดอร์แมนเข้าไปช่วยออสบอร์น ส่วนเธอจะอยู่จัดการพวกเดม่อนเอง
ให้เราหาจุดที่สามารถพุ่งตัวเข้าไปด้านใน โดยสังเกตจากรอยสีดำของลี ที่จะเป็นทางให้เราตามเข้าไป จนเราลงมาชั้นล่าง แล้วก็จะถูกมิสเตอร์เนกกะทีฟจู่โจมจนตกเข้าไปอยู่ในมิติมืดอีกครั้ง
ให้เราพุ่งตัวตามมิสเตอร์ลีเข้าไปเรื่อยๆ จะเป็นภาพเหตุการณ์ที่ลีโดนออสบอร์นทดลอง จนพ่อแม่ตาย และระหว่างที่สไปเดอร์แมนตามมิสเตอร์ลีไป ก็จะพยายามพูดหว่านล้อม ให้ลีกลับมาเป็นคนดีแบบเดิม จนสุดท้ายฉากจะตัดไปที่เหตุการณ์ก่อนหน้านี้สักพัก
คัทซีนในตอนที่ดร.ไมเคิล สามารถคิดค้นยาแก้พิษได้แล้ว แต่จะเป็นตัวอย่างที่มีแค่ขวดเดียว ซึ่งจะถูกมิสเตอร์เนกกะทีฟยึดเอาไป และในขณะที่มิสเตอร์เนกกะทีฟกำลังจะลงมือจัดการออสบอร์น สไปเดอร์แมนก็จะเข้ามาช่วยทันพอดี มิสเตอร์เนกกะทีฟที่สงสัยในตัวสไปเดอร์แมนว่าจะเข้ามาช่วยออสบอร์นทำไม แต่สไปเดอร์แมนจะตอบกลับไปว่า คนที่จะช่วยคือมิสเตอร์ลีมากกว่า เค้าจะพยายามให้มิสเตอร์ลีคนเก่ากลับมาให้ได้
แล้วเราก็จะได้สู้กับมิสเตอร์เนกกะทีฟ โดยวิธีการสู้ คือ ให้เราคอยกระโดดหลบการโจมตีของมัน จนมันเหนื่อย (จะมีปุ่มสามเหลี่ยมขึ้นมาให้เรากด ตามรูปด้านบน) แล้วค่อยพุ่งเข้าไปโจมตีมัน จนมันได้สติ ก็ให้เรารีบหนีออกมา
โจมตีมันไปเรื่อยๆ แล้วในบางจังหวะ เราจะต้องกดปุ่มตามที่ขึ้นบนหน้าจอ (ตามรูปด้านบน) โดยจะสังเกตว่า มิสเตอร์ลี เริ่มกลับมาที่ร่างคนปกติแล้ว หลังจากโดนอัดไปหลายดอก
ให้เราโจมตีแบบเดิมไปเรื่อยๆ จนมิสเตอร์เนกกะทีฟ ระเบิดพลังจนมีปีศาจออกมา (ตามรูปด้านบน) ปีศาจมันจะเสกลูกน้องออกมาได้ ให้เราจัดการกับลูกน้อง แล้วคอยหลบการโจมตีไปเรื่อยๆ แนะนำให้หลบโดยการโหนใยไปรอบๆบริเวณ อย่าพยายามอยู่ที่พื้น เพราะจหลบการโจมตียาก
เมื่อเราหลบไปสักพัก มิสเตอร์เนกกะทีฟจะเรียกปีศาจออกมาโจมตี ให้เราหลบให้ได้ แล้วมันจะเหนื่อย ก็จะเป็นจังหวะให้เราเข้าไปโจมตีมันได้
จากนั้นให้เราสังเกตว่า หากมีปีศาจออกมาโจมตีสัก 2-3 ครั้ง มิสเตอร์เนกกะทีฟก็จะเหนื่อย จนเปิดโอกาสให้เราเข้าไปโจมตีมันได้ ทำแบบนี้ไปเรื่อยๆ จนรู้สึกว่ามันเรียกลูกน้องออกมาเยอะเกิน ก็ให้เราพยายามจัดการลูกน้องมันแทน แต่พยายามอย่าอยู่บนพื้น เพราะเราจะหลบท่าโจมตีของมันยากมาก
ให้เราโจมตีมันไปเรื่อยๆ จนเข้าฉากคัทซีนในจังหวะที่สไปเดอร์แมนใช้ลูกถีบใส่มิสเตอร์เนกกะทีฟ จนปีศาจสลายร่าง และพลังด้านมืดที่ควบคุมจิตใจของพวกเดม่อนก็หายไปด้วย มิสเตอร์ลีก็จะกลับมาสู่ร่างที่เป็นคนตามเดิม
หลังจากที่สไปเดอร์แมนได้ยาแก้พิษจากมิสเตอร์ลีแล้ว ก็จะโดนด็อกอ็อคเข้ามาโจมตี และโดนยึดยาแก้พิษไป สไปเดอร์แมนที่จะสู้ด็อกอ็อคไม่ได้เลย ได้แต่นอนนิ่งจมกองเลือด (ตามรูปด้านบน) สุดท้ายด็อกอ็อคก็จะได้ทั้งยาแก้พิษและตัวของออสบอร์นไป
สุดท้ายซิลเวอร์และดร.ไมเคิลจะเข้ามาช่วยสไปเดอรืแมน และพาตัวไปรักษาที่ F.E.A.S.T. หลังจากที่สไปเดอร์แมนได้สติ ก็จะถาม MJ ว่าป้าเมย์อยู่ไหน MJ ที่ไม่ยอมตอบ แต่ได้พาสไปเดอร์แมน ไปดูป้าเมย์ ที่ตอนนี้อาการร่อแร่ จน MJ บอกว่าป้าเมย์ใกล้จะตายแล้ว สไปเดอร์แมนที่จะพยายามออกไปสู้กับด็อกอ็อคเพื่อชิงยาแก้กลับมา แต่ไม่รู้ว่าจะสู้ยังไง MJ เลยบอกว่า ให้ลองใช้ร่างปีเตอร์คิดดู เพราะปีเตอร์เป็นคนช่วยสร้างแขนนั้นกับมือ น่าจะรู้จุดอ่อนบ้าง แล้วสไปเดอร์แมนก็จะได้สติขึ้นมา แล้วเดินออกไปด้านนอก
ในฉากสุดท้ายของคัทซีนนี้ เราจะได้เห็นแมงมุมเจ้าปัญหา ที่เกาะตัว MJ ออกมาจากห้องลับของออสบอร์นแล้วว่า สุดท้าย คนที่โดนกัดก็คือไมล์นั่นเอง จบภารกิจ Marvel’s Spider-Man : The Heart of the Matter (Reward: ได้รับ EXP 5500)
