หลังจากที่พวกเดม่อนได้หลบหนีไปพร้อมกับลมหายใจปีศาจ ในตอนที่แล้ว (Marvel’s Spider-Man : Collision Course) สไปเดอร์แมนจะโทรไปหาหัวหน้ายูริเพื่อถามถึงข้อมูลของคุณลี ซึ่งยูริก็จะบอกว่า มีคนถ่ายคลิปในตอนที่คุณลีหนีขึ้นรถคันสีดำไปได้ ซึ่งสามารถถ่ายติดเลขทะเบียนรถไว้ได้ด้วย และยูริก็ให้ลูกน้องลองเช็คดูปรากฎว่าเจอรถคันดังกล่าวแล้ว ซึ่งจะเป็นจุดเป้าหมายที่ขึ้นมาบนแผนที่
ในขณะที่เรากำลังโหนใยไปยังจุดเป้าหมาย ดร.มอร์แกน ไมเคิล จะโทรมาหาสไปเดอร์แมน (แอบขโมยวิทยุสื่อสารจากพวกเซเบิล) โดยจะบอกว่าจุดขนส่งผู้โดยสาร น่าจะเป็นเป้าหมายในการแพร่เชื้อได้ดีที่สุด (ปล่อยพิษจากลมหายใจปีศาจ) โดยจะมีสนามบิน ป้ายรถเมล์ สถานีรถไฟ ซึ่งสารพิษจากลมหายใจปีศาจจะแพร่ไปได้ง่ายมาก
สไปเดอร์แมนเลยถามกลับไปว่า ทั้งที่มันอันตรายขนาดนี้ แล้วจะสร้างขึ้นมาทำไม ด็อกเตอร์จะเล่าให้ฟังว่า แท้จริงแล้วโครงการนี้เป็นความต้องการส่วนตัวของออสบอร์น โดยที่เค้าไม่สนใจเรื่องกฎหมายหรือความถูกผิดใดๆทั้งนั้น สไปเดอร์แมนที่จะตอบกลับไปว่า แล้วเอามาบอกเค้าทำไม ในเมื่อด็อกเตอร์จะต้องอยู่ฝ่ายของออสบอร์นไม่ใช่รึ ด็อกเตอร์จะตอบว่ามันก็ใช่ แต่จากเหตุการณ์ที่พวกเดม่อนสร้างขึ้น ทำไมเค้าพึ่งจะมาคิดถึงความเสี่ยง ที่อาจจะโดนคนชั่วแย่งเอาไปใช้ ทำให้เกิดอันตรายอย่างใหญ่หลวง เลยอยากจะขอให้สไปเดอร์แมนช่วย
หลังจากคุยกับ ดร.มอร์แกน ไมเคิล จบสไปเดอร์แมนก็จะโทรไปหายูริ เพื่อถามว่าพวกเซเบิลรู้ไหมว่าสไปเดอร์แมนและหัวหน้ายูริสนิทกัน ยูริจะบอกว่าน่าจะรู้แล้ว และถ้าพวกเซเบิลรู้ว่ายูริเอาข้อมูลต่างๆมาให้กับสไปเดอร์แมน ก็คงจะต้องเดือดร้อนอย่างหนักแน่ๆ สไปเดอร์แมนที่จะเห็นท่าไม่ดี ไม่อยากให้ยูริต้องมาเดือดร้อน เลยอยากจะเลิกติดต่อกับยูริ แต่หัวหน้ายูริจะบอกว่าช่างพวกเซเบิลมันเถอะ เราควรจะร่วมมือกันเพื่อปกป้องเมืองนี้ดีกว่า เพราะพวกเซเบิลมันทำเพื่อเงิน (ทหารรับจ้าง)
เมื่อเรามาถึงจุดเป้าหมายแล้ว เราจะเจอรถคันที่คุณลีใช้หลบหนีมา แต่จะไม่เจออะไรในรถแล้ว สไปเดอร์แมนเลยจะโทรไปเตือน MJ ถึงเรื่องดังกล่าว (เรื่องที่พวกเดม่อนอาจจะเอาลมหายใจปีศาจไปแพร่สารพิษ) แต่ปรากฎว่าไม่สามารถติดต่อ MJ ได้
แล้วภาพก็จะตัดมาที่ MJ ที่เราจะได้บังคับเป็นตัวเธอ ก่อนหน้านี้ที่เธอได้ข้อมูลจาก ชาร์ล สแตนดิช ถึงข้อมูลบางอย่างที่อยู่ที่นี่ (Grand Central) เลยลองเข้ามาหาข้อมูลดู ให้เราเดินสำรวจในงานนี้ให้ทั่ว จนไปถึงเครื่องที่อยู่ด้านในสุด (ตามรปด้านบน) เมื่อลองสำรวจแล้ว ก็จะตัดเป็นคัทซีน
ฉากคัทซีน จะเป็นเหตุการณ์ที่คุณลีเดินเข้ามาด้านหลัง MJ แล้วจะบอกให้ MJ อยู่นิ่งๆ (เหมือนจะพยายามจะสะกดจิต MJ ด้วย) แต่ MJ จะตะโกนเรียกยามที่อยู่ใกล้ๆ ให้เข้ามาช่วย ซึ่งสุดท้ายยามจะโดนพวกเดม่อนจัดการ แล้วพวกมันจะชิงเครื่อง กระจายสารไป (เครื่องที่ MJ พึ่งจะดูนั่นแหละ)
สุดท้าย MJ จะถูกจับไปรวมกับคนอื่นในงาน แล้วคุณลีก็จะโทรไปบอกให้ออสบอร์นรีบมาที่นี่ ก่อนจะมีใครตาย ซึ่งในระหว่างนั้น MJ จะแอบส่งข้อความไปขอความช่วยเหลือจากสไปเดอร์แมน แลัวสักพักสไปเดอณืแมนก็จะโทรมาถามถึงสถานการณ์ที่กำลังเกิดขึ้น MJ จะบอกว่าพวกเดม่อนมันจะปล่อยสารพิษจากเครื่องกระจาย แต่น่าจะยังไม่ลงมือ จนกว่าออสบอร์นจะมาที่นี่
จากนั้นสไปเดอร์แมนก็จะให้เราสำรวจว่ารอบๆบริเวณมีอะไรบ้าง ให้เรามองไปรอบๆ (ขยับจอย) แล้วเราจะต้องกดสำรวจโดรน (กดปุ่มสี่เหลี่ยม) เพื่อบอกสไปเดอร์แมนว่า บริเวณนี้จะมีโดรนคอยบินตรวจอยู่ จากนั้นให้เรามองไปที่ด้านหลังขวามือของ MJ (ตามรูปด้านบน) จะมีช่องลมที่เราจะบอกสไปเดอร์แมนว่าน่าจะเข้ามาได้อย่างปลอดภัย
ผ่านไปสักพัก เราจะได้ยินเสียงสไปเดอร์แมนเข้ามาในพื้นที่แล้ว แต่ยังไม่สามารถเข้ามาที่นี่ได้ เพราะมีโดรนบินอยู่ยอะมาก MJ เลยบอกว่ามีแท็ปเล็ตที่เอาไว้ใช้บังคับโดรนวางอยู่ จะแอบเข้าไปเอาให้ แต่ต้องเบนความสนใจพวกเดม่อนให้หน่อย จากนั้นให้เรากดสี่เหลี่ยม ที่นาฬิกา (อยู่ไกลๆ) สไปเดอร์แมนจะยิงใย แล้วพวกลูกน้องของเดม่อนจะเดินเข้าไปดู ให้เรารีบเดินเข้าไปหยิบแท็ปเล็ต
แต่ในขณะที่เรากำลังหยิบแท็ปเล็ต ดันมีหนึ่งในตัวประกัน วิ่งไปต่อยพวกเดม่อน จนมันหันกลับมา ซึ่ง MJ จะไม่มีทางเลือก ต้องหลอกล่อเพื่อไม่ให้ตัวประกันคนนั้นโดนยิง โดยการบอกพวกเดม่อนไปว่า เป็นนักข่าวและสามารถโทรเรียกให้ออสบอร์นรีบมาได้ แล้ว MJ ก็จะถูกพวกเดม่อนพาตัวออกไป
ให้เราบังคับตัว MJ เดินออกไปที่จุดเป้าหมาย จะมีสไปเดอร์แมนดักรออยู่ หลังจากที่สไปเดอร์แมนจัดการกับเดม่อนแล้ว ให้เรารีบวิ่งไปที่รั้วกั้น เราจะสามารภกระโดดไปด้านล่างได้ โดยเมื่อลงมาด้านล่างแล้ว ให้เรารีบวิ่งไปหลบก่อน เพราะด้านบนจะมีเดม่อนยืนเฝ้าอยู่ จากนั้นให้เราเดินไปชนกับถังขยะ (ตามรูปด้านบน) แล้วตัวที่ยืนเฝ้าจะเดินลงมาด้านล่าง ให้เราเดินขึ้นอีกฝั่งไปด้านบน
เมื่อขึ้นมาด้านบนแล้ว MJ จะทำการปิดโดรนที่บินตรวจ เมื่อทำได้แล้ว สไปเดอร์แมนจะพา MJ ออกไป แต่ MJ จะไม่ยอมและจะเดินต่อเข้าไปด้านใน ซึ่งในพื้นที่นี้ จะมีพวกเดม่อนเดินสำรวจพื้นที่อยู่เป็นจำนวนมาก แต่ตอนนี้ MJ จะสามารถโยนตัวล่อ และสามารถสั่งให้สไปเดอร์แมนโจมตีศัตรูที่ยืนอยู่ตัวเดียวได้ โดยทำตามขั้นตอนดังนี้
เมื่อ MJ เดินเข้ามา เราจะเจอกับศัตรู 2 ตัว ตรงนี้ระบบ จะบอกให้เราโยนตัวล่อ เพื่อล่อให้ศัตรูเดินไปดู (ตามรูปด้านบน) เมื่อศัตรูตัวแรกเดินไปดูแล้ว ระบบจะให้เรากดสี่เหลี่ยม เพื่อเรียกสไปเดอร์แมนจัดการกับศัตรูเป้าหมาย (สไปเดอร์แมนจะจัดการกับศัตรูที่จะต้องยืนอยู่ตัวเดียวเท่านั้น) และกดสี่เหลี่ยมอีกครั้งกับศัตรูตัวที่เหลือ
เดินลงบันไดที่อยู่ด้านซ้ายมือ เมื่อลงมาแล้ว ให้เราหลบอยู่ตรงที่พักบันไดก่อน (ตามรูปด้านบน) จากนั้นโยนตัวล่อ เพื่อล่อศัตรูตัวซ้ายมือ ให้เดินออกไปก่อน เราจะสามารถจัดการตัวที่อยู่ตรงกลางได้ และเมื่อศัตรูที่อยู่ตรงกลางอยู่ตัวเดียวแล้วก็สั่งให้สไปเดอร์แมนจัดการได้เลย (ให้ดูจังหวะตัวด้านซ้ายที่อยู่ไกลๆด้วย มันจะเดินไป-เดินมา)
หลังจากจัดการตัวซ้ายและตรงกลางแล้ว ต่อไปก็จะเป็นตัวซ้ายอีกตัว (ที่เดินไป-มานี่แหละ) เราจะรอจังหวะให้มันเดินเข้ามาใกล้ หรือจะโยนตัวล่อให้มันเดินเข้ามาเลยก็ได้ แล้วค่อยสั่งให้สไปเดอร์แมนจัดการ
ลงบันไดมาทางด้านขวามือ ระวังตัวที่จะอยู่แถวๆนั้น (มีศัตรู 1 ตัว) ให้เดินมาหลบที่หลังกล่องสีเขียว แล้วโยนตัวล่อให้ไปที่จุดตามรูปด้านบน จะสามารถล่อศัตรูให้เดินไปอยู่ตัวเดียวได้ แล้วก็จัดการเชือดได้
เดินต่อเข้ามาที่ป้าย oscorp (จะมีตัวที่ยืนอยู่ฝั่งซ้ายไกลๆ แต่น่าจะมองไม่เห็นเรา) ให้เราโยนตัวล่อไปที่ตำแหน่งเดียวกับในรูป เพื่อจัดการตัวเป้าหมาย แล้วจัดการตัวที่อยู่แถวนั้นอีกตัว
จากนั้นเดินเข้ามาที่จุดเป้าหมาย ก็จะตัดเป็นคัทซีน คุณลีที่จะเดินเข้ามา พร้อมกับถามถึง MJ ว่าอยู่ที่ไหน (เพราะตอนแรกลูน้องต้องคุมตัว MJ ไปหาคุณลี แต่โดนสไปเดอร์แมนเล่นงานก่อน) หลังจบคัทซีนให้เรามองไปที่จอมอนิเตอร์อันใหญ่ (ตามรูปด้านบน) จะมีปุ่มขึ้นมาให้เรากด แล้วสไปเดอร์แมนจะดึงจอให้ลงมาทับพวกเดม่อน ซึ่งก็จะทำให้คุณลีสั่งให้เริ่มตั้งเวลาเดินเครื่องพ่นยา แล้วก็เดินออกไป
เมื่อภาพตัดกลับมาที่ MJ สไปเดอร์แมนจะบอกว่าทางสะดวกแล้ว ให้เรารีบเดินไปที่เครื่องพ่นยา กดสำรวจที่เครื่องแล้ว สไปเดอร์แมนจะถามว่าตอนนี้เห็นอะไรบนเครื่องบ้าง จากนั้นให้เรากดพลิกด้านเครื่องพ่น (ด้านข้าง) เราจะเห็นสายสีต่างๆ และมีสัญลักษณ์บอก ตรงนี้เราจะต้องทำการตัดระบบเครื่อง (คล้ายๆกับกู้ระเบิด)
ขั้นตอนการหยุดเครื่องพ่นยา
- หมุนให้เครื่องมาอยู่ด้าน ที่เราจะต้องปลดสาย (ให้หมุนให้ตรงรูปด้านบนหรือไม่ก็ได้)
- เส้นแรกที่เราจะต้องเอาออกคือ เส้นที่มาจากแบตเตอรี่
- จะมี 2 เส้นให้เราเลือก ดึงเส้นไหนก่อนก็ได้ คือ1.เส้นที่อยู่ติดกับเส้นสีแดง 2.คือเส้นที่อยู่ด้านล่างสุด (ตามรูปด้านบน)
- เมื่อดึงเส้นแรกแล้ว ให้เราดึงเส้นที่มาจากแบเตอรี่อีกเส้น (เส้นที่เหลือ) หากเวลาเหลือ 30 วินาที ก็ไม่ต้องตกใจ
- สไปเดอร์แมนจะบอกว่าเส้นต่อไปคือเส้นพัดลม ให้เราดึงเส้นสีดำที่เหลืออีกเส้น
- และเส้นสุดท้ายคือเส้นสีแดง เมื่อดึงเสร็จเครื่องก็จะหยุดทำงาน
แล้วเราก็จะได้กลับมาบังคับเป็นสไปเดอร์แมนอีกครั้ง โดยให้เรากำจัดพวกเดม่อนที่อยู่ในบริเวณนี้ให้หมด แนะนำให้ใช้วิธีลอบฆ่า จะทำให้เล่นง่ายขึ้น เมื่อเราจัดการศัตรูไปได้เกือบหมดแล้ว สไปเดอร์แมนจะบอกให้ MJ พาตัวประกันรีบหนีไปได้เลย จากนั้นพวกเดม่อนก็จะเข้ามาเพิ่มอีกชุดใหญ่ โดยคราวนี้เราจะต้องสู้แบบถูกรุมให้ได้ (เราสามารถใช้ใยดึงจอลงมาทับพวกเดม่อนได้)
ให้เราพยายามจัดการศัตรูให้หมด โดยระหว่างที่เราสู้ เราจะได้ยินเสียงวิทยุสื่อสาร ที่บอกว่าคุณลีกำลังหลบหนีโดยการขึ้นรถไฟใต้ดิน ให้เรากำจัดศัตรูให้หมด รวมไปถึงตัวที่ยิงจรวดอยู่ชั้นบนด้วย จากนั้นจะมีศัตรูที่จะเปิดประตูออกมาเมื่อจัดการแล้ว เราจะสามารถเข้าประตูนั้นไปที่รถไฟใต้ดินได้
รีบวิ่งไปที่ขบวนรถไฟ แล้วจะมีปุ่มให้เรากดตาม (สามเหลี่ยม) เราจะดีดตัวเข้าไปในขบวนรถไฟ ซึ่งจะมีมิสเตอร์เนกกะทีฟรอเราอยู่ในนั้น ให้เราสู้กับมิสเตอร์เนกกะทีฟไปสักพัก เราจะถีบมันเข้าไปอีกตู้นึง คราวนี้มันจะดูดพลังจากลูกน้อง แล้วสามารถปล่อยพลังออกมาได้ โดยระบบจะสอนให้เรากดกระโดดหลบด้านข้าง ให้เราหลบการโจมตีของมัน จนมันเหนื่อย แล้วให้เรากดสามเหลี่ยมเพื่อพุ่งเข้าไปโจมตีมัน แล้วจัดให้มันอีก 1 ชุด
จากนั้นมันจะมีท่าใหม่ปล่อยออกมา คราวนี้เราจะต้องกระโดดหลบโดยการกด X ซึ่งก็จะใช้วิธีเดิมคือ หลบจนกว่ามันจะเหนื่อยแล้วเราค่อยพุ่งตัวเข้าไปโจมตีมัน
หลังจากที่เราจัดให้มันชุดใหญ่แล้ว หลังจากนี้เราจะต้องคอยดูท่าที่มันจะปล่อยออกมา โดยเราจะมีท่าให้กระโดดหลบ 2 ท่า คือ กระโดดเกาะด้านข้าง กับกระโดดขึ้นด้านบน แล้วใช้วิธีเดิมคือ รอจนมันเหนื่อยแล้วค่อยจัดการมัน
เราจะสู้กับมิสเตอร์เนกกะทีฟ จนพุ่งข้ามไปยังรถไฟอีกขบวน แล้วเราก็จะต้องสู้แบบเดิมอีกครั้ง แต่ครั้งนี้เมื่อเราสู้ไปสักพัก เราจะถูกมิสเตอร์เนกกะทีฟจับตัวไว้ แล้วจะมีปุ่มขึ้นมาให้เรากด (หลายครั้ง) จนมิสเตอร์เนกกะทีฟถูกไฟช๊อตจนสลบไป
จากนั้นสไปเดอร์แมนจะเดินไปที่หน้าขบวนแล้วก็จะพบว่า รถไฟขบวนนี้จะไม่มีเบรค แล้วเราก็จะต้องกดปุ่มที่ขึ้นมาบนหน้าจอ เพื่อทำการหยุดขบวนรถไฟให้ได้
** จะมีฉากการหยุดรถไฟ โดยวิธีที่เลียนแบบในหนัง แต่จะไม่สำเร็จ จนสไปเดอร์แมนบอกว่า ครั้งที่แล้วยังใช้ได้เลย (เคยใช้ได้ตอนอยู่ในหนัง) ซึ่งก็จะเป็นฉากที่เกมนี้ใส่เข้าไปเพื่อล้อเลียนสไปเดอรืแมนเวอร์ชั่นหนังนั่นเอง **
จากนั้นก็จะเป็นคัทซีนในตอนที่สไปเดอรืแมนสามารถหยุดรถไฟได้ และสุดท้ายมิสเตอร์เนกกะทีฟก็จะโดนจับเข้าคุก พร้อมกับเครื่องพ่นยาและลมหายใจปีศาจที่จะถูกควบคุมกลับไปด้วย
ช่วงสุดท้ายก็จะเป็นฉากที่สไปเดอร์แมนโทรไปหา MJ (เพราะ MJ บอกว่าจบงานนี้แล้วมีเรื่องจะคุย) แต่ MJ จะตัดสายทิ้ง ทำให้สไปเดอรืแมนงงเล็กน้อย (ไหนบอกมีเรื่องคุย) จากนั้น MJ ก็จะส่งข้อความมาหา บอกว่ายังไม่พร้อมคุย แล้วที่เหลือก็จะเป็นการพยายามง้อขอคืนดีของสไปเดอร์แมน ซึ่งสุดท้าย MJ จะบอกว่าขอไปทำงานต่อ พรุ่งอาจจะโทรไปหา และก็จะจบภารกิจ Marvel’s Spider-Man : The One That Got Away (Reward: ได้รับ EXP 3500)