หลังจากที่เราจับช็อคเกอร์ได้อีกรอบ ในตอนที่แล้ว (Marvel’s Spider-Man : Financial Shock) เราจะโทรไปรายงานให้หัวหน้ายูริทราบ ซึ่งคราวนี้ยูริ บอกว่าจะเอาตัวช็อคเกอร์ไปขังไว้ที่ The Raft (คุกที่เอาตัวฟิสก์ไปขังไว้ก่อนหน้านี้ ซึ่งจะเป็นที่คุมขังแบบพิเศษที่เอาไว้ขังพวกมีพลังวิเศษโดยเฉพาะ) และสไปเดอร์แมนจะรายงานต่อไปว่า ช็อคเกอร์น่าจะทำงานให้แก๊งค์เดม่อน แล้วสไปเดอร์แมนจะบอกว่าหากมีข้อมูลของแก๊งค์นี้ ให้ช่วยไปบอกนักข่าวสาวที่รู้จักให้หน่อย (ซึ่งก็คือ MJ นั่นเอง)
หลังจากที่เราวางสายจากหัวหน้ายูริ เราจะมีเวลาว่าง ให้เราไปไล่ทำภารกิจเสริมก่อน แล้วสักพักหัวหน้ายูริจะโทรมาบอกเราว่าได้ข้อมูลของพวกเดม่อนแล้ว โดยพวกนี้จะไล่ยึดกิจการของฟิสก์ ซึ่งวันนี้ก็จะบุกไปที่ท่าเรืออีกด้วย ซึ่งก็จะเป็นภารกิจหลักของเราต่อไป
ให้เราตรงไปยังท่าเรือ โดยระหว่างทาง เราจะได้คุยกับยูริอีกครั้ง ซึ่งเธอจะบอกว่าคราวนี้จะส่งตำรวจที่ทำคดีของฟิสก์มาหาเราด้วย (Jefferson Davis) ให้เราถามข้อมูลของฟิสก์ได้เลย เพราะตำรวจคนนี้ทำคดีของฟิสก์มานานแล้ว
เมื่อมาถึงท่าเรือเป้าหมายแล้ว เราจะได้ยินบทสนทนาท่ลูกน้องของฟิสก์คุยกัน ถึงเรื่องที่พวกเดม่อนไปยึดโกดังเก็บของของฟิสก์มาหลายที่แล้ว และจะต้องป้องกันท่าเรือนี้ไว้ให้ได้ ซึ่งเราจะเห็นว่า ลูกน้องของฟิสก์จะวางกำลังคุ้มกันอย่างแน่นหนา โดยมีสไนเปอร์อยู่บนหลังคามากมาย
ให้เราค่อยๆย่องไปจัดการกับสไนเปอร์โดยที่ไม่ให้พวกมันรู้ตัว จะง่ายที่สุด ให้เราจัดการพวกฟิสก์ที่อยู่ในบริเวณนี้ให้หมด (ถ้ามันรู้ตัวก่อนที่จะกำจัดหมด ก็ให้เราเปลี่ยนเป็นสู้แบบเปิดเผยไปเลย ไม่มีผลต่อเนื้อเรื่อง)
เมื่อเราจัดการลูกน้องของฟิสก์ได้หมดแล้ว เจ้าหน้าที่เจฟ (Jefferson Davis) จะขับรถเข้ามาพอดี แล้วเค้าจะแนะนำตัวเล็กน้อย ก่อนที่จะบอกว่า ตอนนี้เค้ามีหมายค้นมาด้วย จะได้ค้นแบบถูกกฎหมาย แต่สไปเดอร์แมนจะถามว่า แล้วถ้าพวกมันไม่เปิด เราจะพังประตูเข้าไปเลยได้ไหม ซึ่งสไปเดอร์ก็เลยจะขอตัว ไปหาทางเข้าทางอื่นก่อน
ให้เราขึ้นมาบนหลังคาโกดัง แล้วเราจะเจอช่องลม ที่เราสามารถเข้าไปด้านในได้ (ตามรูปด้านบน) เมื่อลงมาด้านล่างแล้ว เจ้าหน้าที่เจฟจะให้เราช่วยเปิดประตูให้หน่อย โดยการทำให้กล่องควบคุมที่อยู่ใกล้ๆประตูช๊อต แต่เราจะบอกกับเจฟว่า ในตัวเราไม่มีอะไรที่เป็นไฟฟ้าเลย เจฟเลยโยนปืนช๊อตไฟฟ้าเข้ามาให้เรา เมื่อเก็บแล้ว ให้เราเปิดเมนู เพื่อคราฟใยแมงมุมไฟฟ้า (Electric Web) หลังจากที่เราคราฟเสร็จแล้ว ให้เรายิงใยแมงมุมไปที่แผงควบคุมที่อยู่ใกล้ๆ จะทำให้เจฟสามารถเปิดประตูเข้ามาได้
เมื่อเจฟเข้ามาด้านในได้แล้ว เค้าจะพยายามหาเบาะแสที่อยู่ในนี้ จนไปเจอกับ ห้องลับที่อยู่ในตู้คอนเทรนเนอร์ ซึ่งจะมีแผงวงจรควบคุมอยู่ จากนั้นให้เรากดสแกน (R3) เพื่อดูสายไฟที่เชื่อมกับวงจร (เราจะเห็นแผงวงจรมีหลายอัน) ให้เราไล่ยิงใยไฟฟ้าไปใส่แผงวงจร จนเจฟสามารถเปิดห้องลับได้ แต่เมื่อเปิดแล้ว ด้านในจะไม่มีอะไร
หลังจากเจอห้องลับห้องแรกแล้ว เจฟจะบอกเราว่า น่าจะมีห้องลับที่อื่นอีก โดยให้เราสังเกตรอยประตูที่อยู่บนพื้น ซึ่งตรงนี้เราก็จะต้องออกไปสำรวจห้องลับห้องอื่น ซึ่งจะอยู่บนชั้น 2 เมื่อเรากดสำรวจแล้ว จะเป็นการเรียกเจฟให้ขึ้นมาดู
แล้วสักพักเจฟจะบอกเราว่า ลิฟต์ใช้งานไม่ได้ ให้เราไปช่วยหน่อย มาตรงลิฟต์ที่อยู่บนชั้น 2 เราจะเจอเฟือง ให้เรายิงใยเพื่อหมุนเฟือง ก็จะเป็นการดึงลิฟต์ขึ้นมา จากนั้นไปรอเจฟที่ตู้คอนเทรนเนอร์เดิมได้เลย เจฟจะสำรวจจนเจอแผงวงจร ซึ่งเราก็จะต้องไปยิงแผงให้ช็อตเหมือนเดิม ซึ่งคราวนี้จะอยู่หลังพัดลมที่ติดอยู่บนหลังคา ให้เรากะจังหวะยิงแผงให้ได้
เมื่อเปิดประตูได้แล้ว ตอนแรกเจฟจะบอกว่าไม่เจออะไร แต่เมื่อสำรวจไปสักพัก จะเจอกับแผงควบคุมที่น่าสงสัย โดยให้เราไปหาอีกแผง โดยจะอยู่ด้านหลังลิฟต์ ที่ชั้น 1 ให้เราดึงลิฟต์ขึ้นไปก่อน แล้วค่อยยิงใยใส่แผงควบคุม
สุดท้ายเราก็จะเจอทางเข้าลับ ที่อยู่ที่พื้น ให้เราเดินเข้าไปช่วยเจฟดึงประตูขึ้นมา เราจะเจอทางลงไปด้านล่าง ที่ด้านล่างนี้ ให้เราไต่กำแพง แล้ว ไปดึงหินที่ขวางอยู่ เพื่อให้เจฟมุดเข้าไปได้ จากนั้น ระบบจะสอนเรื่องการห้อยตัวลงมา แล้วดีดตัวไปด้านหน้า
เดินไปตามทางจนเราทะลุเข้ามาที่คลังเก็บอาวุธ แต่อาวุธจะถูกขนไปหมดแล้ว ให้เดินไปจนสุดทาง เราจะเจอประตูอยู่ด้านขวามือ เมื่อเปิดประตู เราจะได้เจอกับพวกเดม่อนที่กำลังขนอาวุธขึ้นรถ สุดท้ายสไปเดอร์แมนจะพยายามหยุดรถขนอาวุธของพวกเดม่อน แต่มันจะหนีไปได้ 1 คัน ส่วนอีกคัน จะมีพวกลูกน้องของเดม่อน ลงมาเพื่อจัดการเรา
ให้เราจัดการพวกเดม่อนให้หมด แล้วมันจะมีกำลังเสริมเข้ามาช่วยอีกชุด (ระหว่างนี้เราจะมีเจฟคอยช่วยปาระเบิดใส่ศัตรูให้ด้วย) เมื่อกำจัดพวกเดม่อนได้หมดแล้ว มันจะขับรถหนีไป ให้เรารีบตามมันไปให้เร็วที่สุด โดยระหว่างที่เราโหนใยตาม เจฟจะบอกว่า ยังมาพวกเดม่อนบางคนอยู่ที่นี่ จะตามไปช้าหน่อย ให้เราตามรถขนอาวุธ โดยเน้นวิธีดีดตัว (กด X) จะทำให้เราพุ่งไปได้เร็วขึ้น จนเราสามารถตามรถขนอาวุธทัน แล้วเราจะต้องกดสามเหลี่ยม เพื่อเข้าไปเกาะที่หลังคารถ (ตามรูปด้านบน)
จากนั้นให้เรากำจัดศัตรูที่อยู่ในรถให้หมด สุดท้ายจะเหลือเดม่อนที่ขับรถอีกคน เราจะพยายามกำจัดมัน แต่รถขนอาวุธ จะชนกับรถบรรทุกที่ขับสวนมา ตรงนี้ให้เราคอยกดปุ่มที่ขึ้นมาบนหน้าจอให้ทัน เพื่อช่วยรถบรรทุก ไม่ให้ตกลงไปด้านล่าง
เมื่อเราช่วยรถบรรทุกได้แล้ว ศัตรูจะขับรถของมัน เพื่อจะพุ่งเข้ามาชนเรา แต่เจฟจะขับรถตำรวจมาช่วยไว้ได้ และเมื่อจัดการกับศัตรูคนสุดท้ายได้ ฉากก็จะตัดเข้าคัทซีน ในตอนที่นักข่าวเข้ามาทำข่าว ได้กล่าวยกย่องตำรวจอย่างเจฟ ซึ่งตอนนี้ได้รับบาดเจ็บอยู่ แล้ว MJ จะเดินเข้ามาในที่เกิดเหตุ พร้อมกับสนทนากับสไปเดอรืแมนเล็กน้อย (MJ จะบอกกับสไปเดอร์แมนว่า หลังจากเรื่องที่งานประมูล ทำให้หัวหน้าของ MJ อนุญาตให้ MJ ลงภาคสนามได้ และสามารถทำข่าวได้อย่างเต็มที่) จากนั้น MJ ก็จะหาทางเพื่อสัมภาษณ์เจฟ จนสุดท้ายเจฟก็จะยอมให้ MJ ขึ้นรถพยาบาลเพื่อไปสัมภาษณ์ได้
จบภารกิจ Wheels within Wheels (Reward: ได้รับ EXP 2500)
