มาถึงภารกิจสุดท้ายแล้ว กับตอน Marvel’s Spider-Man : Pax in Bello โดยหลังจากเหตุการณ์ที่สไปเดอร์แมนปะทะกับด็อกอ็อคแล้วพ่ายแพ้แบบยับเยิน (Marvel’s Spider-Man : The Heart of the Matter) ก็จะได้ MJ ที่จะช่วยเตือนสติว่า ให้ลองไปหาจุดอ่อนของสิ่งที่ดร.อ๊อดโต้สร้างดู เพราะจริงๆแล้ว ปีเตอร์ก็ได้ช่วยสร้างโปรเจ็คนี้ไปไม่น้อย น่าจะพอรู้จุดอ่อนบ้าง
** ในระหว่างที่เราโหนใย ซิลเวอร์จะโทรมาบอกเราว่า เธอจะถอนตัวออกนอกพื้นที่ และกลับบ้านเกิด ส่วนพวกทหารที่เหลือของเซเบิล จะอยู่ต่อเพราะออสบอร์นยังจ่ายค่าจ้างอยู่ (ซิลเวอร์สั่งให้ลูกน้องกลับแล้วแต่มันไม่ยอม) **
เปิดมาในภารกิจนี้ จุดเป้าหมายที่เราจะต้องไปคือแลปของดร.อ๊อดโต้ เพื่อหาข้อมูลของโปรเจ็คที่ร่วมมือกันทำมา เมื่อมาถึงจุดเป้าหมายแล้ว ระบบจะขึ้นเตือนว่า นี่จะเป็นภารกิจสุดท้ายแล้ว หากเราอยากจะทำอะไรก็ให้ไปทำก่อน หรืออยากจะอัพสกิล หรืออาวุธต่างๆ ก็ให้ทำให้เรียบร้อยก่อนที่จะเข้าไปในแลปนี้
เมื่อเข้ามาในแลปแล้ว จะเป็นคัทซีน ปรากฎว่าปีเตอร์เข้ามาสร้างชุดที่จะเอาไว้สู้กับด็อกอ็อค (ตามรูปด้านบน) เมื่อสร้างเสร็จ ก็จะมีแจ้งเตือนจากมือถือ ถึงข่าวของด็อกอ็อคที่กำลังจับตัวออสบอร์นขึ้นไปบนยอดตึก สไปเดอร์แมนจะรีบออกไปยังตึกออสคอร์ปทันที
ด็อกอ็อคที่กำลังปีนขึ้นไปบนยอดตึกออสคอร์ป หลังจากมีปากเสียงกับออสบอร์น สุดท้ายจะปล่อยให้ออสบอร์นตกลงมา แต่สไปเดอร์แมนก็จะมาช่วยไว้ได้ทัน แล้วสไปเดอร์แมนก็จะขึ้นไปหาด็อกอ็อค โดยจะพยายามพูดหว่านล้อมให้กลับมาเป็นดร.อ๊อดโต้คนเดิม แต่ก็จะไม่ได้ผล
เราจะได้สู้กับด็อกอ็อค เป็นบอสตัวสุดท้าย โดยวิธีสู้ในช่วงแรก คือการยิงใยใส่จนขาทั้งหมดโดนใยแมงมุมพัน หรือเราจะใช้วิธีดึงของที่อยู่แถวนั้นโยนใส่ด็อกอ็อคก็ได้ (หรือจะใช้ชิ้นส่วนที่ด็อกอ็อคปามาใส่เรา แล้วโยนกลับก็ได้) ทำไปเรื่อยๆ จนด็อกอ็อคมึน เราจะสามารถดีดตัวเข้าไปโจมตีมันได้ (แนะนำให้ใช้ท่าไม้ตายใส่มันเลย) จากนั้นรีบกระโดดออกมา เพราะเมื่อด็อกอ็อคหายมึน มันจะโจมตีใส่เราทันที
เราจะสู้มันไปสักพัก แล้วมันจะกระโดดไปพังเสาส่งสัญญาณจนทำให้ไฟไหม้ ซึ่งจะทำให้เราไม่สามารถเดินที่พื้น หรือเกาะที่เสาตรงกลางได้ (เลือดจะลดทันที) วิธีสู้ในเฟสนี้ก็คือ การที่เรารอจังหวะที่ด็อกอ็อคจะมาชิ้นส่วนมาที่เรา ให้เรากะจังหวะแล้วปาใส่มันคืน จากนั้นเราก็จะสามารถเข้าไปโจมตีมันได้ เพราะมันจะมึน
แต่สิ่งที่ยากในเฟสนี้ก็คือ การที่เราจะต้องคอยโหนใยเพื่อหลบการโจมตีของด็อกอ็อคโดยที่เราจะทำได้แค่โหนใยไปรอบๆ และกระโดดเหยียบบนเสาเล็กๆ ที่อยู่รอบ (แต่ไม่ควรอยู่เป็นเป้านิ่ง เพราะด็อกอ็อคจะมีความเร็วและระยะโจมตีที่ค่อนข้างไกล)
ให้เราสู้ไปเรื่อยๆ โดยด็อกอ็อคจะสลับกันระหว่างสู้บนพื้นปกติ กับขึ้นไปเกาะเสา แล้วทำให้พื้นเป็นไฟ เราจะสังเกตได้จากขาของด็อกอ็อคที่จะเริ่มมีอาการช๊อตมากขึ้นเรื่อยๆ จนสุดท้ายฉากจะตัดเข้าสู่คัทซีน ในตอนที่สไปเดอร์แมนสามารถอ้อมไปดึงสวิตช์ที่ท้ายทอยของด็อกอ็อค แต่ปรากฎว่า ด็อกอ็อคได้แก้จุดนี้ไปแล้ว (ที่ปีเตอร์รู้คือจุดนี้จะเป็นสวิตช์ที่เอาไว้เชื่อมกับเส้นประสาทของด็อกเตอร์) เมื่อสไปเดอรืแมนดึงออกก็จะไม่มีผลอะไร
แล้วสไปเดอร์แมนก็จะโดนโจมตีจนไม่สามารถยิงใยออกมาได้ ซึ่งเมื่อเกาะที่หน้าแตก ด็อกอ็อคก็จะบอกว่า ช่างน่าผิดหวังจริงๆเลยนะ ปาร์คเกอร์ (ชื่อของสไปเดอร์แมน) สไปเดอร์แมนที่จะตกใจมากที่ด็อกอ็อครู้ว่าตัวจริงของสไปเดอรืแมนคือใคร ด็อกอ็อคจะพูดต่อไปว่า อุตส่าเตือนแล้ว ทำไมไม่ฟัง ว่าอย่ามาขัดขวาง
แต่ปีเตอร์ที่เมื่อรู้ว่าแท้จริงแล้วด็อกอ็อครู้ตัวจริงมานานแล้ว นั่นเท่ากับว่าที่ผ่านมาคือการหลอกใช้ให้ปีเตอร์ช่วยทำโปรเจ็คให้สำเร็จ ด้วยความโกรธ สไปเดอร์แมนจะซัดด็อกอ็อคจนทั้งคู่ตกลงไปด้านล่าง ซึ่งทั้งคู่ก็จะเกาะอยู่ที่กระจกด้านข้างตึกเอาไว้ แล้วก็เริ่มซัดกันต่อ
ตรงนี้ให้เรากดหลบไปเรื่อยๆ จนเราเข้าไปใกล้กับด็อกอ็อคในระยะที่สามารถต่อยได้แล้ว ค่อยกดโจมตี และเมื่อโจมตีเสร็จก็ให้เรารีบหลบทันที ทำแบบนี้ไปเรื่อยๆจนเข้าสู่คัทซีน ในตอนที่ปีเตอร์กำลังเสียท่า สุดท้ายก็จะสามารถถอดสวิตช์ที่ท้ายทอยของด็อกอ็อคได้ แล้วก็จะทำให้ด็อกอ็อคตกลงมาด้านล่าง
สไปเดอร์แมนที่จะรีบตามลงมา เพื่อเก็บยาแก้พิษ ซึ่งระหว่างนั้น ด็อกอ็อคก็จะพูดหว่านล้อมให้ปีเตอร์ช่วย แต่สุดท้าย ด้วยประโยคขู่ที่ว่า เค้ารู้ตัวจริงของสไปเดอร์แมนแล้ว ซึ่งเมื่อปีเตอร์ได้ยินประโยคนี้ ก็จะพูดว่า “เรื่องของเมิงสิ” แล้วก็เดินออกไป
แล้วฉากก็จะตัดมาที่ดร.ไมเคิล ที่ได้ทดสอบยาาแก้แล้ว ยังใช้ได้ผลอยู่ (ไม่ได้รับความกะทบกระเทือนใดๆ จากการแย่งชิง เปลี่ยนมือไปหลายคนมาก) แต่ปรากฎว่าหากเราต้องการผลิตยาแก้เพิ่ม เราจะต้องใช้ยาแก้ตัวนี้เป็นสารตั้งต้นทั้งขวด ซึ่งก็อาจจะไม่ทันกับป้าเมย์ที่ตอนนี้ใกล้ตายเต็มทนแล้ว
สุดท้ายสไปเดอร์แมนก็จะต้องเลือกระหว่างช่วยป้าเมย์ หรือจะเอายาแก้ไปผลิตยาช่วยเหลือคนอื่น (แล้วป้าเมย์เสี่ยงที่จะตาย) ในขณะที่ปีเตอร์จะต้องตัดสินใจ ป้าเมย์ก็จะรู้สึกตัว สไปเดอร์แมนก็เลยรีบเข้ามาหา แล้วพูดกับป้าเมย์คุณจะต้องหายครับ คุณผู้หญิง แต่ป้าเมย์กลับบอกว่า ให้ถอดหน้ากาก เพราะอยากจะพูดกับหลานตัวเอง ซึ่งหมายความว่าป้าเมย์ก็รู้แล้วว่าปีเตอร์คือสไปเดอร์แมน
ป้าเมย์จะบอกกับปีเตอร์ว่าภูมิใจกับสิ่งที่ปีเตอร์ได้ช่วยเหลือคนอื่นๆ แต่ในระหว่างที่คุยกัน ป้าเมย์เกิดอาการทรุดหนัก ปีเตอร์ที่กำลังจะเอายาแก้พิษที่ได้มา จิ้มใส่สายเพื่อช่วยป้าเมย์ สุดท้ายป้าเมย์ก็จากไปอย่างสงบ
หลังจากนั้น ยาแก้พิษก็ได้ถูกผลิตและฉีดให้กับประชาชนทั่วไป ส่วนศพป้าเมย์ก็ถูกฝังไว้ข้างลุงเบ็น สุดท้ายด็อกอ็อคก็ถูกจับเข้าคุกที่ the Raft แล้วเวลาก็ล่วงเลยมา 3 เดือน MJ และปีเตอร์นัดมาเจอกันที่ร้านอาหารร้านเดิม MJ จะได้เลื่อนขั้นในหน้าที่การงาน ส่วนปีเตอร์จะกำลังตกงานอยู่ และคิดว่าจะเปลี่ยนอาชีพไปเป็นเชพ แล้ว MJ จะถามถึงกระเป๋าที่ปีเตอร์แบกมาด้วย ปีเตอร์เลยบอกว่ากะจะไปนอนบ้านไมล์สักหน่อย แต่ MJ จะชวนให้มานอนด้วยกันก็ได้ และตกลงมาคบกันในที่สุด
หลังจากนั้นจะเป็น End Credit (รอบแรก) ขึ้น เมื่อเราดูจบหรือกดข้ามไป เราจะได้ดูฉากไมล์ที่คุยอะไรบางอย่างกับปีเตอร์ (ตอนแรกปีเตอร์เข้าใจว่าไมล์จะกังวลเกี่ยวกับร่างกายในช่วงเข้าสู่วัยรุ่น) ซึ่งก็คือไมล์เป็นสไปเดอร์แมน เมื่อปีเตอร์เห็นดังนั้น ก็เลยบอกไมล์ว่า ไม่ค่อยแปลกเท่าไหร่ พร้อมกับกระโดดขึ้นไปเกาะบนเพดานคุยกับไมล์ต่อ
แล้วก็จะตามด้วย End Credit (รอบ2) ออสบอร์น ที่เดินเข้าห้องลับที่เซพเฮ้าส์ เดินไปคุยกับคนที่อยู่ในตู้ทดลอง ซึ่งก็คือแฮรี่นั่นเอง (ตามรูปด้านบน) ** ไม่รู้ว่าเนื้อเรื่องที่ปูในช่วงท้ายๆ จะเป็นการปูไปต่อภาคที่ 2 หรือ จะเป็นการปูเผื่อขาย DLC เนื้อเรื่องต่อกันแน่ ต้องคอยติดตามดู **
หลังจบเกมแล้ว เราจะได้ EXP 5500 และยังสามารถกลับมาเล่นเกมได้ต่อ เพื่อเก็บโทเค่นหรือเก็บสิ่งต่างๆ ให้ครบ 100% ก็ได้